金針菇在生長生育過程中，也易受病蟲的危害，在發菌期間培養料和菌絲體易受毛霉、木霉、曲霉等雜菌的污染。在出菇期間，如氣溫突然升高，或較長時間持續在18℃以上，就易受異形葡枝霉、擬青霉、假單胞桿菌的為害。受異形葡枝霉侵染后，菇柄基部初期呈深褐色水漬狀斑點，后病斑逐漸擴大變軟腐爛，其上可見灰白色棉絮狀氣生菌絲。如果氣溫在 18℃以上，則病部迅速向上擴展，最后可使成批菇體倒伏腐爛，俗稱軟腐病。當菇體有機械損傷或被害蟲咬破的傷口，就易受假單胞桿菌的入侵，病斑多數發生在菌蓋邊緣，圓形或橢圓形，褐色，外圍色較深；菌柄上的病斑菱形或橢圓形，褐色，有輪紋可連成一片布滿整個菌柄，使菌柄變深褐色，質軟不能直立，最后整株死亡腐爛，俗稱褐腐病。當菌柄基部受擬青霉侵染后，菌柄基部即變黑褐色腐爛，往往成叢發生，子實體倒伏。
對以上病害的防治要從綜合防治人手，合理安排栽培季節，適當推遲接種時期，使出菇期能避開18℃以上的高溫。搞好菇房及周圍環境經常性的清潔衛生，減少污染源也非常重要。此外，在管理中要避免菇體受機械傷害或被害蟲咬破傷口，減少病菌入侵的途徑。
據孟祥元等(1993)，報道，金菇針在制種期間易受印度谷蛾的為害，幼蟲初期取食菌種表層的菌絲，繼而向菌種內部移動，出現淺黃色隧道，5天后進入暴食期，菌種瓶內出現大小不一空洞，并吐絲結網，排出帶臭味的紅色糞便，為害嚴重的菌絲被食光。在防治上，菌種培養室要遠離糧食倉庫，門窗加裝紗窗，防止成蟲飛入。成蟲盛發期，培養室每5天噴1次敵敵畏乳油1 000倍液。幼蟲初期為害，可用注射器向為害處注入1 000倍敵敵畏乳油，以殺滅幼蟲。
