有機黑木耳是一種木腐菌，屬于中高溫型菇類，按照有機方式栽培，其菌絲生長溫度范圍為6～35℃，最佳為22～28℃；耳片溫度范圍在15～35℃，最適溫度為20～28℃。有機黑木耳栽培中的常見問題如下：
1、雜菌率高。品種選擇不當，導致有機黑木耳菌種退化，消毒時間不夠或溫度低，接種時消毒不徹底，環境衛生差，培養室濕度過大，培養溫度高致使燒菌，澆水不當致使水分進入袋中，高溫期出耳引起燒袋，栽培場地消毒不好，雜菌袋檢查去除不當，袋料含水量高，酸堿度調不當，脫袋、脫壁。
2、前期有機黑木耳菌袋菌絲生長緩慢。品種選擇不當，菌種退化，裝量過多透氣性不好，通風不好，溫度過低。
3、燒菌。培養溫度過高，擺放層數過多，催芽密度過大通風不良，高溫期出耳日光爆曬。
4、出耳不齊。菌種退化和老化，劃口質量不均一，困菌不當。
5、耳片生長緩慢。品種選擇不當，菌種退化，感染雜菌。
6、爛耳、流耳。品種選擇不當，菌種退化，感染雜菌，采摘時期不當。
7、管理不當，管理粗放是形成以上問題的主要因素。
