選用優良菌株目前我國各地主栽的有機茶樹菇優良菌株來源主要有兩處，一是福建省三明市真菌研究所，其菌株菌柄粗，叢子實體數少，顏色較深，菌蓋呈棕褐色，子實體耐高溫能力強，產量高，但鮮菇口感稍差;二是江西廣昌，其菌株菌柄細，叢子實體數多，顏色略淺，菌蓋呈紅棕色，產量略低，但肉質嫩，鮮菇口感好。建議菇農從正規單位直接引進母種擴繁。
使用科學配方有機茶樹菇培養料含氮量過高，污染率高、出菇遲;含氮量過低，產量低。建議采用以下兩個配方：木屑36%、棉籽殼36%、麩皮20%、玉米粉5%、茶籽餅1%、輕質碳酸鈣1%、糖1%，pH值7～7.5;或者棉籽殼87%、麥麩10%、石灰2%、糖1%，含水量56%～60%，pH值7～7.5。
提高制袋成品率一是培養料質量。培養料要新鮮、無霉變，木屑要經后熟并過篩。培養料含水量要適宜，以緊握指縫有水漬但不下滴為度。二是菌袋制作。棉籽殼、木屑要提前24小時預濕并加入石灰堆積發酵，然后加入麥麩，拌料裝袋至上灶的時間不要超過5小時。三是消毒滅菌。將料袋裝進常壓灶，一般每灶2500-3000袋，不宜過多。滅菌時做到“攻頭、控中、保尾”，使升溫至100℃的時間盡量縮短，溫度達到100℃后保持16～18小時，做到徹底滅菌。四是菌種培養。有機茶樹菇對光、溫敏感，菌種培養要在相對恒溫、避光的條件下進行，溫度控制在22～26℃，培養室每隔10天檢查一次，清除污染的菌種。五是菌袋接種。滅菌后料溫冷卻至30℃以下，裝進接種箱接種。盡量減少菌袋破損。
科學安排制袋季節茶樹菇菌絲在5～35℃均能生長，子實體分化適溫為22～26℃，低于20℃子實體生長慢、轉潮慢、菌柄短、產量低;高于28℃子實體生長快、易開傘，影響品質。高淳縣5月中下旬和9月中下旬最適宜茶樹菇子實體形成和生長，往前推55～60天就是合理的制袋期，一般安排在3月上中旬和7月上中旬制袋。
抓好害蟲綜合防治多采用物理防治和生物農藥防治，出菇期盡量不用化學防治。重點搞好環境衛生，及時處理廢菌袋，并對菇房內外消毒，用潔凈的自來水補水。采用防蟲網、黑光燈、水浸法(在菇原基出現前或采收后向菌筒灌水，水面高于料面1～2毫米，浸2天后倒掉)相結合的方法治蟲。
