銀耳病害分為侵染性病害和非侵染性病害，侵染性病害由病原菌引起，非侵染性病害，有的是生理性病變引起，有的是生產管理失控造成。
1、白粉病 又叫白腐病，病源菌為頂孢頭霉。防治辦法：加強菇房通風降濕，幼耳發生時可噴石灰硫磺合劑，并提前采收，用利刀連根刮除，耳基可涂抹4％石炭酸溶液，傍晚用50％霉腐劑粉劑煙熏。
2、僵縮病 病原菌茄鐮孢霉。防治辦法：原料曝曬，配料含水量不應過高60％；穴口揭布前用50％敵敵畏乳油1000倍噴灑殺菌；割膜擴穴后空間濕度不超80％；幼耳階段發生時，可噴PH8的石灰上清液，成耳期提前采收，并用5％石灰水浸泡清洗后再加工干制。
3、黑蒂頭 防治辦法；發菌培養不超28℃為好，適時開口割膜擴穴增氧，促進菌絲正常新陳代謝；幼耳階段噴水宜少宜勤，不宜過量，防止耳基旁積水：同時注意通風換氣。
4、爛耳 防治辦法：防止培養基變酸，料袋滅菌后注意散熱，發菌培養防止超溫。長耳階段控制23－25℃，及時通風，噴水適量，空間相對濕度85－95％之間。幼耳發現爛耳及時摘除、挖基，用石灰水涂擦后，再用100％甲基硫菌靈1000溶液噴灑控制；成耳霉爛提前柴收，并用25％福美雙1500倍液涂沫，控制病原菌蔓延。
