為害食用菌的線蟲有多種，其中滑刃線蟲以刺吸菌絲體造成菌絲衰敗，墊刃線蟲在培養料中較少，但在覆土層中較普遍。蘑菇受線蟲侵害后，菌絲體變得稀疏，培養料下沉、變黑，發黏發臭，菌絲消失而不出菇，幼菇受害后萎縮死亡。香菇脫袋后在轉色期間受害，菌筒產生“退菌”現象，最后菌筒松散而報廢。銀耳受害后造成鼻涕狀腐爛。線蟲數量龐大，每克培養料的密度可達200條以上，其排泄物是多種腐生細菌的營養。這樣使得被線蟲為害過的基質腐爛，散發出一種腥臭味。由于蟲體微小，肉眼無法觀察到，常誤認為是雜菌為害，或是高溫燒菌所致。
防治方法如下：
（1）適當降低培養料內的水分和栽培場所的空氣濕度，惡化線蟲的生活環境，減少線蟲的繁殖量，也是減少線蟲為害的有效方法。
（2）強化培養料和覆土材料的處理：盡量采用二次發酵，利用高溫進一步殺死料土中的線蟲。
（3）使用清潔水澆菇：流動的河水、井水較為干凈，而池塘死水含有大量的蟲卵，常導致線蟲泛濫為害。
（4）藥劑防治：菇凈或阿維菌素中含有殺線蟲的有效成分，按1 000倍液噴施能有效地殺死料中和菇體上的線蟲。
（5）采用輪作制：如菇稻輪作、菇菜輪作、輪換菇場等方式，都可減少線蟲的發生和為害程度。
