1、菇蕾難以分化：主要問題有二：第一，棚溫偏低，不適合幼蕾發育分化，可以通過提高棚溫解決。第二，藥物影響。有的菇農使用大量農藥拌料，發菌期間也噴灑農藥防止病害發生，結果使得菌袋內廢氣重，甚至抑制菌絲發生。處理方法：將料面破壞后，噴施6%石灰水溶液，每天2次，連噴2~3天，靜養發菌，再次現蕾時即可正常管理。如果使用的藥物濃度較高，則需采取石灰水浸泡菌袋的辦法予以解決。
2、幼菇生長速度慢：主要是棚溫過低，或者所選菌株不適合低溫期栽培。處理方法：提高棚溫。第一，安裝大棚水溫空調器，溫度可隨意調節，即使選用了中高溫型菌株，也能正常出菇；第二，安裝土暖氣，注意煙囪要通暢，并保持足量的進風，以免棚內氧氣不足；第三，在棚內頂部設黑色塑料薄膜或高密度遮陽網，卷起草苫，棚內進熱但不進光，采用這種方法雨雪天氣無法增溫。有低壓爐的栽培戶，可將“小白龍”在棚內靠墻安放一圈，最后接到鍋爐上，燒開后的蒸汽源源不斷的輸送到塑管，給菇棚加溫，效果很好。如果是中高溫型菌株，又無力升溫，則可降溫、降濕，待氣溫回升時再行出菇。
3、氣生菌絲旺盛：主要原因是碳氮比失調、氮素過多。處理方法：對料面噴灑濃度為5%的石灰水，或者用石灰水浸泡菌袋，分解氮素，使之盡快達到可同化的水平，同時加強通風，使氣生菌絲盡快倒伏，紐結現蕾。以后注意調配基料營養，使之全面均衡，尤其要加入三維精素。另外，碳氮比失調還會造成厚菌皮。
4、不出菇：主要原因除基料營養不均衡和碳氮比例失調以外，還有菌株的溫型不符合現階段溫度等原因。此外，基料中含有不明物質，尤其是農藥，會抑制菌絲發生，導致不出菇。處理方法參考上述使用石灰水進行處理。
5、子實體基部有“菌毛”：子實體基部有“菌毛”發生，菇品顯得不周正，商品質量低下主要原因是基部有“菌毛”，就是白色的菌絲，有的是因為通氣不良、濕度較高，食用菌長出氣生菌絲；有的是真菌感染，前期表現為菌絲狀，溫度上升后發展為病害，如褐腐病等即為該種表現。處理方法：清理料面后噴灑“百病傻”400倍液，降低濕度，觀察1周不再發展即可轉為正常管理。
6、菌蓋毛刺：菌蓋毛刺即菌蓋上出現一些疙疙瘩瘩的菌肉組織，很是影響菇品質量，主要原因是棚溫低，或菌株不是真正的低溫型，如2006等菌株，即使0℃以下也不會發生毛刺等畸形菇，這才是真正的低溫菌株。處理方法：增溫保溫。
7、菜花疙瘩、粗菌柄：前者是菇蕾不分化，后者是菌蓋組織不分化，原因是棚內二氧化碳濃度高、氧氣不足所致。處理方法：強化通風。
8、菌蓋上翹喇叭：原因有藥物作用、通氣不良、菌株種性退化或菌株的溫型與該時段條件不符合。處理方法：應在晴好天氣的中午時段進行通風；種性退化則無法可治，菌株溫型不適合該季節，可采取升高棚溫的辦法解決。
9、厚菌皮：厚菌皮其原因與上相同，只是發生時間更長而已。
