一、菌袋污染 造成大部分菌袋污染的直接原因是滅菌不徹底。在適宜的水分、溫度條件下，菌袋內沒有被殺死的雜菌開始繁殖，開始星星點點地分布在菌袋上，后來擴展成片。導致滅菌不徹底的原因：（一）拌料時培養料沒有吸透水，料內有生心，尤其是木屑、玉米心等質地較硬的培養料易發生這種情況。（二）在滅菌過程中沒有排盡冷空氣，滅菌鍋中始終被冷空氣占據一部分，導致熱循環不良。（三）滅菌時間不足，或在滅菌過程中出現?；?，或滅菌鍋內菌袋擺放過多過緊，均會出現滅菌不徹底的問題。
二、菌絲生長緩慢 （一）菌種活力弱可造成菌絲生長緩慢。一定要到規模較大、信譽良好的單位購買菌種。菌種適宜菌齡為30～40天，菌絲潔白、濃密、粗壯，表明生命力強。（二）菌袋裝料過緊或含水量過高（高于65％），菌袋內由于沒有充足的氧氣，抑制了菌絲的生長速度。（三）發菌溫度過低，如小于20℃，且通風不良或培養料的酸堿度不適宜（適宜的pH值為7左右），也會造成發菌緩慢。
三、菌袋側面出菇且多畸形 在滅菌過程中，菌袋相互擠壓，圓形的菌袋變形，致使栽培料和菌袋之間產生空隙，為菌絲擰結提供空間。再加上低溫、光照刺激和機械刺激（如倒袋等），使菌袋側面的菌絲擰結形成原基，發育成子實體。由于塑料袋的限制，這種菇全部為畸形。發現這種情況，應及時對菇蕾進行捏壓，使其停止生長，以免造成更多的營養浪費。
四、子實體個小 出現這種情況的原因是沒有進行疏菇蕾。原基分化后，在菌袋兩側長出很多菇蕾，少則幾個，多則幾十個。但由于營養和空間的限制，這些菇雷大部分不能長成商品菇，所以要進行疏蕾，以免浪費營養。疏蕾的原則是在菇蕾剛形成時，選位置好、菇形正、大小相近的菇蕾，每面留4～6個，子實體長至2厘米時，再進行一次優選，每面留2～4個。這樣，便能保證較高的商品率了。
五、菌絲旺長 在出菇時，菌絲突然旺長，菌袋兩端、子實體上長滿白色菌絲，子實體從菌蓋中間開始隘縮，嚴重時子實體黃化死亡。這主要是由菇棚內溫度突然升高所致。在出菇階段，菌絲、子實體都在生長，在正常情況下，這兩種生長達到動態平衡。決定這一平衡的是溫度，較高的溫度有利于菌絲生長，較低的溫度有利于原基的分化。突然升溫，打破了原有的平衡，使菌絲生長占了優勢。在營養、水分一定的情況下，供給菌絲生長的營養、水分多，供給子實體的營養、水分就少了，嚴重時子實體營養倒流，在外觀上表現出子實體萎縮，甚至黃化死亡。應防止菇棚內突然升溫。
