食用菌生產是一個嚴謹的過程，每一步都是環環相扣，密不可分的。任何一個環節不注意環境衛生及滅菌治蟲工作，都會遭受雜菌肆虐和病蟲的危害，造成產量降低，更有甚者前功盡棄。
食用菌污染控制包括以下幾個環節：
一、原料污染控制
食用菌生產原料，通常為一些工農業生產的下腳料，其中富含豐富的營養，適合各種微生物的生長。尤其在夏天這個高溫高濕的季節原料最容易變質（即雜菌污染），采用這些原料一定用做到滅菌徹底。
二、滅菌措施：1、要用新鮮干燥，未生過霉的原料。2、使用前在陽光下攤曬2天，曬死部分雜菌。3、熟料栽培的傘類真菌，在料中（以干料重計）加人0.5%的速效滅菌劑-億昌增抗劑拌料。90℃滅菌3小時，殺菌率100%！ 微孔破洞，不易污染；抵抗雜菌，全程無憂！ 高壓滅菌，料袋必須是聚丙烯塑料，料放在滅菌鍋中（不能堆放，放時瓶與瓶，或袋與袋之間要有一定的空隙），使其受熱均勻，達到滅菌徹底。其次，高壓滅菌時鍋中的冷空氣要排盡。常壓滅菌，袋料袋裝鍋時要有一定的空隙或者“#"字型排壘在滅菌鍋里，這樣便于空氣流通，滅菌時不易出現死角。采用常壓蒸汽滅菌鍋，在加入速效滅菌劑-增抗劑后，起效溫度65℃，當溫度升至90℃～100℃時只需進行短時間滅菌，培養袋就達到徹底無菌狀態殺菌率100％。
