食用菌菌渣含有豐富的蛋白質及其他的營養物質，完全可以再次做為栽培食用菌的原料。目前我國工廠化食用菌發展迅速，大量的菌渣尚未有效利用，如果不及時進行妥善處理，不僅造成浪費，同時會造成污染，帶來巨大隱患；同時產業的快速發展使食用菌原材料價格成倍上漲，棉籽皮在主產區已經高于糧食的價格，這嚴重制約著產業發展，利用菌渣做為替代料二次種菇不僅能夠有效解決環境污染隱患，同時拓寬原材料來源，降低生產成本，緩解菌林和菌牧矛盾，增加生產效益。二次種菇關鍵技術主要是配方的篩選，優勢在于原料的多級利用，成本的降低，經濟、生態效益的大幅調高。
供試菌渣是出過一潮菇的工廠化栽培金針菇的廢料。
配方篩選 試驗共設四個處理（配方），其中處理四為對照，每個配方分別栽培臺灣秀珍菇和秀珍菇57。配方1：金針菇菌渣60Kg，棉籽殼10Kg, 玉米芯30Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg；配方2：金針菇菌渣60Kg，棉籽殼20Kg, 玉米芯20Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg；配方3：金針菇菌渣60Kg，棉籽殼30Kg, 玉米芯10Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg；配方4（CK）：棉籽殼60Kg, 玉米芯40Kg，蔗糖1Kg，石膏粉1Kg。
栽培用菌袋規格為17cm×33cm×0.05cm 的聚丙烯塑料袋，裝料高18cm，干料重0.5kg，然后套上塑料頸圈、塞上棉塞。每個處理裝1800袋左右，挑無污染的1500個菌袋用于試驗。
菌渣的前處理 采菇后，選取無污染和霉變的菌包刮掉菇腳，機械脫袋并粉碎、曬干。然后將菌渣與其它原料按比例均勻拌和，加入適量水拌勻后將原料建堆，堆寬1.8米，長6.5米，高1.0米，每隔30厘米在料堆上打一通氣孔，直徑6cm。當堆溫達60℃以上時，保持10小時后翻堆，共翻三次。翻料時注意上下內外料位的調換，并補足水分，發酵完后用石灰調pH值到8.0左右，含水量調至65％左右。
裝袋、接種、發菌、出菇管理采用常規方法。
較常規栽培成本降低約25%左右，生物學效率達75%左右，綜合效益較菇農常規栽培提高15%以上。
菌渣二次種菇注意事項 主要有以下4項。
菌渣要新鮮、無霉變，不能放置過久，應及時粉碎，在陽光下暴曬，減少病原雜菌和害蟲。如果不能立即使用，可曬干后集中儲存備用；
食用菌菌渣的營養品質與食用菌栽培料的種類和降解利用程度有關，不同種類菌渣的理化性能與物質成分也因此各有特點。再次作為栽培原料，以生產周期短、采收潮次少的食用菌菌渣為宜，例如工廠化金針菇菌渣，由于只采一潮菇，基質降解利用不充分，仍含有大量未被金針菇利用的營養成分。
食用菌菌渣種含有大量的菌類分泌物質，對其他食用菌的作用不同，可能有促進或抑制作用，需通過栽培試驗篩選出適宜栽培的食用菌種類和添加配比。
食用菌在生長過程中利用碳的比例相對于氮要高，菌渣中的碳氮比小，可提供豐富的氮源。用菌渣栽培其它食用菌時可不添或少添麥麩等氮源，而要適當補充棉籽殼等碳源。
