食用菌生產中的蟲害主要有菇蚊、菇蠅以及跳蟲、螨類等，一般不會發生絕產性的危害，但近兩年似乎日趨嚴重，成為繼污染之后的第二大問題。對于蟲害防治，要堅持"預防為主，防治并重"的原則，即產前產中預防在先，管理中發現及時，一旦發生徹底殺滅。
1。預防在先。首先，菇場的選擇應遠離養殖場、廄廁類場所、垃圾場、污水溝等；其次，對栽培場所周圍進行清理，如草堆、糞堆等，盡量清理干凈；第三，清理菇棚，使之整潔并符合栽培模式的要求，將門窗通風口等封裝防蟲網，棚內噴灑藥物徹底殺蟲；第四，原輔材料不應帶有蟲類進場，尤其螨類害蟲，多為原輔料帶入；第五，生料栽培時，應將拌料播種場所噴灑殺蟲藥，裝袋播種操作時，應每半小時左右對料表噴灑1次殺蟲藥物，以防帶蟲播種；第六，發酵料栽培時，料內拌入辛硫磷800倍液，按每噸料拌入400公斤即可，發酵期間應經常對料堆表面噴灑高效氯氰菊酯1000倍液；第七，發菌期間，配合檢查剔雜，根據周邊環境蟲害發生情況，每3～7天噴灑1次高效氯氰菊酯倍液；第八，為保障食品安全，出菇期間不得隨便用藥，可在出菇間歇期集中用藥1次，即可達到預防目的。
2。菌蛆防治。發現不及時或者預防不到位時，基料內往往發生大量幼蟲，菇農朋友多稱為"菌蛆"，該階段它們咬食菌絲和子實體，將菌柄或菌蓋蛀為海綿狀，使菌袋由白色轉為褐色。此時噴藥無濟于事，應根據菌袋的出菇情況進行處理，如果僅出一潮菇，生物學效率在50%以下時，可進行徹底殺滅，才能繼續出菇。方法是使用磷化鋁熏殺，6小時內即可殺死，然后繼續進行相關的管理；假如出過兩潮以后，一般不必進行藥物殺滅，可直接作為廢料進行高溫堆悶，即可殺死。
3。菇蚊、菇蠅防治。尤其出菇期間，應密切觀察害蟲的發生情況，一旦發現有成蟲進入，即可對其進行集中殺滅。菇蚊類的成蟲極不耐藥，即使使用清水將之噴落在地上，其翅膀沾上水后便無法飛動，沾上泥土后更是動彈不得，很快即可死亡。對該類幼蟲，必須使用磷化鋁熏殺。
4。螨類害蟲防治。使用殺螨靈類藥物，對菌袋噴施后，覆蓋塑料膜4小時左右；出菇期間，應在采收后用藥，不得對子實體直接噴灑。
5。跳蟲防治。參考菇蚊、菇蠅的防治方法。
最后提醒菇農，在防治食用菌蟲害時，一定要在出菇間歇期用藥，不得對子實體直接噴施，以保證產品安全。
