1、首先要將舊菇房打掃干凈，把舊菇房里面的原種植殘留物、培養料等全部清除除去，嫌太麻煩的可以將這些東西堆放到距離菇房大約500米遠的地方另行處于。
2、將舊菇房的架子、工具等用干凈的水沖洗干凈，然后搬到太陽下曬上一會，之后在將舊菇房內墻、地面掃清后用水沖洗干凈。
3、菇房通風是非常重要的環節之一，將菇房門窗打開，讓陽光照耀進房屋，有條件的可以將菇房棚頂打開，通風、干燥20-60天。等菇房干燥后用敵敵畏熏房(使用敵敵畏時注意安全，使用后洗手)，殺蟲劑噴打床架、店面、墻面、房頂殺蟲，然后再用多菌靈、托布津細細噴打2-3次，進行消毒殺菌。
4、在菇房內各個角落及菇房周邊撒施漂白精或生石灰殺蟲、殺菌?？梢允褂蒙一蛘呓ㄖ玫膲K狀或粉末狀的生石灰，千萬不要用已經水解了的熟石灰。因為生石灰具有殺蟲、殺菌的作用，而熟石灰(生石灰加水后經過化學反應的生存物)殺菌、殺蟲效果差。而且生石灰是呈固態或塊狀或風化后呈粉末狀，熟石灰呈糊狀或白色泥樣，已經水解了的熟石灰不利于進行撒施工作，增加菇房消毒滅菌工作量。
