以培養料和覆土的處理為重點。食用菌各種病害的病原菌大多存在于培養料和覆土材料中，因此，除進行發酵料栽培外，尤其是在發病區和老菇棚，應盡量進行熟料栽培。在平菇的栽培實踐中，近幾年黃斑病普遍發生，且有嚴重發展的趨勢，但熟料栽培的基本沒有造成危害。
狠抓場所和環境消毒。不少病原菌自然存在于土壤表面、空氣和各種有機體上，特別是老菇房的內壁和床架，會有前一生產季存留下來的病原菌。環境和場所消毒最簡單和最經濟的方法是在陽光下暴曬，可將菇棚蓋頂掀起，先曬地面，然后深翻，再暴曬。甲醛、過氧乙酸、硫磺、漂白粉等也是很好的環境消毒劑，且無污染。
先采菇后施藥。用藥物防治時，若不先行采菇，藥劑很容易污染菇體，并造成大量殘留。因此，藥劑防治時，必須做到先采菇，后施藥，施藥后菇房采取偏干管理，以抑制子實體原基形成。目前使用的殺菌劑殘留期一般在14天左右，多數食用菌子實體從原基形成至成熟采收需7天左右，因此，施藥后8天方可采菇。
