（一）段木栽培管理
1.菌棒管理 由于早春時接種氣溫較低，為了使菌絲能夠盡快回復生長，必須將接種后的菌棒集中堆放在適宜條件（保溫保濕）的場所，使菌絲定植和蔓延，這稱之為上堆發菌。
發菌時間的長短是根據段木的樹種、質地、干濕度，堆場的保溫及保濕、通風狀況而決定的。一般南方上堆發菌控制在40-50d。
菌棒堆積發菌方法是在地面干燥、向陽的地方進行，墊上石塊或橫木等，然后將已接種的菌棒擺放在墊物上，以“井”字形堆層，堆高1m左右。若氣溫低時，可用草簾可用塑料薄膜覆蓋保溫，并注意通風，防止霉菌滋生，相對濕度控制在70-80%，溫度為20-28℃，以利菌絲定植。中午陽光充足時，易出現短暫的高溫，這是要揭膜通風降溫。
隨著菌棒堆積發菌時間的延長，堆溫逐漸升高，此時可視段木干濕程度，適當噴水。塑料薄膜覆蓋保濕效果好，一般1-2周內不用噴水。如用樹枝、草簾覆蓋，1周后即需分次噴水保濕或結合翻堆適當噴水。噴水之后，不要急于蓋膜，否則會使堆內悶熱，導致雜菌生長，從而影響菌絲在菌棒內蔓延。一般以樹皮稍干在覆蓋薄膜或草簾為宜。
在上堆期間，7-10d翻堆一次，以使木耳菌絲在菌棒內均勻生長，菌棒表面始終保持干燥，避免雜菌滋生。如發現雜菌感染，應及時處理。輕者將菌棒放在太陽下翻曬；污染面積用刀刮除，傷口處用1%-3%生石灰水或2-5%漂白粉涂抹處理。
上堆定植30-40d后，可進入催耳階段。能否轉入催耳接段，應根據菌棒內菌絲蔓延的情況而定。方法是鋸一截菌棒劈開觀察，如兩個接種孔之間的菌絲已連接并有少量耳芽，便可拆堆，將菌棒排在地面，繼續養菌，這稱為散堆排場。此時，管理工作的重點以保濕、通風為主。散堆前要再次清理耳場，然后將菌棒一“一面坡”形式鋪開。環境干燥時，菌棒排列密一些，潮濕時排列疏一些。排列坡度不要過大，盡量使菌棒能夠均勻地吸收地面的潮氣，接受光照、雨露和新鮮空氣，以利菌絲在菌棒中充分生長。
排場階段遇干旱時，可適當人工噴水3-5次。以少噴、勤噴為主，每周翻動菌棒2-3次，使其吸濕。光照均勻，但要采取措施，防治日光曝曬。在正常情況下，菌棒排場30d后，接種穴陸續出血耳芽，這時應逐漸進行一次檢查，如菌棒生長耳芽達70%左右，即可進入起架產耳管理。形成耳芽后的菌棒稱為耳棒。
2.出耳管理 又稱為起架出耳，就是把生長耳芽的耳棒按人字形架起來，并按照產耳階段要求的條件進行管理，促使早產耳，多產耳，多產優質耳。
耳棒起架后水分的管理非常重要，干濕交替環境有利于耳芽健全生長發育。噴水的時間、次數、水量應根據氣候條件靈活掌握。一般晴天多噴，陰天少噴，雨天不噴。噴水時間的掌握，最好用噴霧方式反復噴，使耳場空氣相對濕度穩定在80%-90%為宜。噴水時間的掌握，在早春和晚秋期間，一般應在中午；在夏季、晚春和初秋期間，以傍晚噴水最好，否則會出現水分蒸發快，耳片生長慢和爛耳、流耳，耳棒變質等不良后果。當采完第一批耳后，停止澆水，讓其曬棒，大約5-7d。等菌絲恢復后，再噴水催耳。一般為20d左右可采第二批耳，一直到秋末冬初為止。
（二）代料栽培管理
完成發菌的栽培袋應及時排場出菇，如推遲排場，菌絲就會在培養料表面形成一層白色菌皮，影響耳芽的產生和生長發育。
1.選擇出耳場地 耳場應選擇靠近水源、地勢較高、環境衛生，通風良好的地方，也可以選擇在樹林或河邊樹蔭下。目前常用耳場時塑料棚和溝坑拱棚。塑料棚建制時需設置前后門窗，以便空氣對流；棚頂要覆蓋草簾以遮陽光的直射；棚內地面可設若干水槽或鋪設砂土、煤渣等富集水分；棚內空間搭架，以便吊菌袋出耳。
坑溝拱棚的建制是先開一條寬1m、深0.3m、長10m左右的地溝，溝兩邊固定30CM高的竹架。竹架上橫向搭1.1m長的竹竿，竹竿上掛菌袋出耳。最后在地溝上方ongoing竹片搭拱棚，棚頂覆蓋塑料薄膜并加蓋草簾。溝坑拱棚可調節自然溫度，延長木耳的栽培期。在氣溫較低的春節和秋季，可利用低溫和太陽輻射熱提高培養溫度；而在高溫階段可采用地溝中灌水、架上掛袋、草簾遮陽等降溫措施來創造空間濕度適宜的小氣候。除了上述兩種方式外，還有室內出耳、林間吊袋出耳等。無論采用哪種方式出耳，都需要創造適宜的溫度、濕度、光照、通風換氣等條件。
2.菌袋開孔出耳 開孔前，先繞扎袋口，然后拔塞脫環將菌袋浸入0.1%的高錳酸鉀溶液（或5%石灰水溶液）中旋轉幾次，提起，隨即掛袋（袋間相距15CM）。在23℃-25℃下培養5-7d，待袋壁出現子實體原基后開孔。開孔時，使用的刀片和操作中雙手用酒精棉球消毒。用刀片在袋面劃+、V字形的破口，口長2CM，每袋以10-13個為好，穴距8-10CM，行距6-8CM，呈梅花型排列。
菌袋開孔后管理的關鍵是保溫出耳，要防止孔口菌絲干燥失水，但不可向菌袋直接噴水，以免孔口積水影響耳芽生長。棚內應向空間噴水，保持耳場的空氣濕度在85%-90%之間。溫度控制在15-22℃，并保持一定亮度的散射光和新鮮的空氣。約經5-7d，劃口處便會有耳芽生成，待耳芽生長5d左右，芽基已封住孔口，這時便可直接向耳片噴水。噴水應輕噴、勤噴。開始時每天傍晚向耳片噴水一次，以耳片濕潤為度。噴水次數要根據氣溫的高低和耳片的大小靈活掌握。在保溫的同時一定要注意耳場的空氣新鮮。從耳基形成到采收一般20-30d，整個生長期為2-3個月。
