然而，經幾年的發展發現土窯洞栽培雙孢菇仍存在如下問題：
1、U型土窯洞菇房溫度較恒定，不利于雙孢菇發菌期21 ℃~23 ℃的溫度的需求；
2、通風條件差，尤其是U型窯洞拐角處空氣流通更加不暢，抑制子實體的生長；
3、U型土窯洞菇房容易返潮，栽培中噴水管理難以掌握。
4、U型土窯洞連續栽培2~3年后雜菌滋生發生嚴重，舊U型土窯洞難以消毒處理，影響產量嚴重時甚至絕收。
5、U型土窯洞菇房易坍塌，存在一定的安全隱患。
同時，由于移民開發工程的完成，我縣產生了大量的閑置民房。目前，汾西縣農村的閑置民房有萬余間。對閑置民房升級改造，進行雙孢菇栽培，可變廢為寶，充分利用閑置資源，將給汾西縣帶來可觀的經濟效益。
2013年，在省科技廳強大引擎驅動下，市局的積極引領下，縣委、縣政府的戰略推動下，縣科技中心的強力支撐下，汾西縣御食康食用菌基地確立雙孢菇工廠化生產為公司的主要產業，引進先進技術，進行雙孢菇工廠化生產基地建設，此項目將菇農的技術難關前移到龍頭公司，降低菇農的投入與風險、大大降低了勞動成本，且縮短了菇農栽培雙孢菇的栽培周期，提高了栽培場地利用率，雙孢菇產品品質優且質量穩定。2013年底，現代化雙孢菇培養料基地已建設完成，現已進入試生產階段。
專家組結合汾西縣實際，整合全部資源，經過考察研究討論，以省食用菌產業鏈為契機、以特色菇房為突破口，對該縣食用菌產業發展做出初步規劃，推進我縣食用菌產業，朝著現代化、專業化、產業化、特色化邁進，實現“家家有菇房，人人有收入”縣域經濟，并帶動全省乃至全華北地區的食用菌現代化、特色化發展。在農業強縣的戰略藍圖上留下濃重一筆，為全省食用菌產業化發展做出積極貢獻。
