張俊飚教授談到產業發展中的主要問題：在宏觀環境中，不論是從國家經濟實力、經濟結構轉型、居民消費升級、資源壓力緩解、政府重視程度等角度，食用菌產業作為“資源節約型、環境友好型”的朝陽產業、新興產業都是具有良好的發展前景。在現實發展過程中，則需要應對和研究以下問題：產業技術中的科技創新、產業組織中的生產方式、產業結構中的結構均衡性以及產業經濟政策中的財政支持等。
基于組織化水平低的現狀，目前我國仍以小規模家庭作坊式的粗放型生產模式為主，導致技術水平較低，資源消耗量較大，產業內涵發展水平明顯不夠。農戶背景下，有些技術可能是實用的，但隱含的潛在風險很大，食用菌生產方式的粗放問題逐漸凸顯。隨著林木資源快速利用，很多木腐菌生產主產區開始出現林木資源需求與生態環境資源保護之間的矛盾，對菌類種質資源的生存環境產生一定破壞作用以及過量采挖，導致珍稀菌類的種質資源瀕臨滅絕。由于長期投入不足，產業發展基礎較弱：如種質資源的調查、采集、保藏和開發利用滯后于產業發展需要，完整的產業體系尚未形成等；缺乏財政支持，產業可持續發展能力十分有限；基礎建設投入不足，使得產業風險增大、成本增加、盈利下降，暴利結束。面臨產業支持體系不夠完善的問題，在平均利潤時代，菇糧作為特殊產業應該獲得支持。面臨著產品初級化和產業鏈條較短問題，產品的初級形態較多，主要以鮮銷（如側耳屬類、金針等菇）、干制（如木耳、香菇等）、鹽漬（如雙孢蘑菇等）、速凍等為主，產業的橫向拓展與縱向延伸不足，產業鏈條過短，產業內涵與質量不高使得對農村經濟發展支撐的作用受到影響。 同時支持產業發展的科技政策未成體系，技術對產業的發展具有強大支撐力，但政府在食用菌科研層面的政策支持相對較少，技術儲備幾乎為零，種質創新明顯不夠。產業鏈條上的專業化生產、育種研究、菌種生產工藝及栽培設備設施研發等環節技術，較為缺乏精準化、專業化的技術模式，人才培養機制不健全也嚴重影響著食用菌產業的整體與可持續發展。
