食用菌在栽培過程中，會受到多種病蟲害的侵害，對產量造成影響，大部分病蟲害在發生初期及時發現后采取有針對性的防控措施，即可有效減少病蟲害發生對產量的影響。但在病蟲害發生嚴重后，不可避免地需要使用農藥來進行防控。
截止2022年11月底，我國登記在食用菌上的農藥產品從2020年底的12個增加到35個，其中殺菌劑20個，殺蟲劑12個，植物生長調節劑3個(表1)。
在有效成分種類上，殺菌劑有咪酰胺錳鹽、咪酰胺、噻菌靈、二氯異氰尿酸鈉、噻霉酮、百菌清、吡唑醚菌酯、代森聯、腐霉利和春雷霉素等10種;殺蟲劑包括呋蟲胺、滅蠅胺、吡丙醚、高效氟氯氰菊酯和甲氨基阿維菌素苯甲酸鹽等5種;植物生長調節劑有三十烷醇和赤霉酸2種。
在農藥毒性方面，全部為低毒農藥;劑型方面兼顧了對環境污染小和適宜食用菌栽培小環境使用，以懸浮劑、水分散粒劑、可濕性粉劑、煙劑等為主。
在這35種農藥產品的用藥量信息中(表2)，食用菌品種以季節性栽培的平菇、雙孢菇、香菇及空菇房為主;防治對象以發生較為普遍的霉菌、疣孢霉、細菌性褐斑病及菇蚊、菇蠅為主，使用方法拌料或拌土、噴霧和熏蒸等方法可根據發生時期選擇適宜的農藥種類。
總的來說，近兩年食用菌上登記的農藥產品數量和類別等方面都有所增加，但相較于植物依然數量較少，建議在選擇農藥時要對藥劑的防治對象、使用時期及用法用量進行詳細了解，結合病蟲害發生的嚴重程度選擇合適的用藥時期和用藥量，以達到精準防控;病蟲害防控要遵循“預防為主、綜合防控”的原則，科學選擇不同作用機制的藥劑輪換使用。
