“以社會民生為導向，堅持科技創新”是該所的科技創新理念。建所近半個世紀以來，廣東省微生物所始終把民生科技放在第一位。著名真菌學家,中科院院士（原稱學部委員）鄧叔群從零開始,發起成立了廣東省微生物研究所的前身中科院中南真菌研究室。歷經風雨，伴隨著祖國奮進的步伐，終于成為現在規模的研究所。其間從老領導李康壽和老一輩科學家簡浩然、陸大京，到賀鷹摶、何能波、丘元盛、郭俊、吳清平這一任任所長，乃至到如今的以許玫英為代表的青年科學家，幾代人薪火相傳，使廣東省微生物所成為如今區域科技創新一支不可或缺的勁旅，為廣東省乃至我國科技事業作出了突出的貢獻。全所共取得科技成果140多項，其中國內先進水平以上成果130項；獲得國家和省部級獎80多項，其中國家級獎勵6項。
建所47年以來，特別是“兩院”引進的高級人才郭俊研究員到該所任所長后，廣東省微生物所面向國家和廣東省社會經濟發展對微生物學的重大需求，重點致力于具有熱帶亞熱帶特色的微生物資源、環境污染物生物治理、食品生物安全與健康以及材料防霉抗菌等戰略性、前瞻性基礎與公益性研究。她擁有12個國家級和省級創新平臺、中心、實驗室，其中包括廣州國家生物產業基地生物新技術及產品研究開發和測試公共實驗中心、廣州化學品生態環境安全評價中心等一批國家級科技創新平臺，以及博士后科研工作站，而省部共建國家重點實驗室培育基地更是開創了省屬科研院所獨立承擔建設國家重點實驗室的先例。
多個“第一”彰顯大智慧
依托廣東省微生物所的廣東省微生物菌種保藏中心是華南地區最大全省唯一的微生物種質資源庫，主要承擔微生物資源的分離、篩選、鑒定、保護以及前瞻性的功能挖掘應用基礎研究，是國家戰略資源保藏的重要基地。
廣東省微生物所建有華南地區最大、全國第二的大型真菌標本館，承擔中國乃至世界范圍的相關微生物類群的分類鑒定和物種多樣性的評估工作，館藏標本6萬多，眾多標本在全國乃至世界上是獨一無二的“模式標本”，堪稱“國寶”。
