覆土是雙孢蘑菇由營養生長向生殖生長轉化的關鍵技術之一，當雙孢蘑菇的菌絲長滿培養料后，就可以及時覆土。
覆土材料的制作
（1）土壤的選擇：覆土材料要求疏松、有持水能力，一般用中性土壤，也可用人工合成的營養土。目前用泥炭土、水稻土、菜園土較多，但必須是沒有化學污染、當年沒有施過蘑菇廢料的田塊。取15～20厘米以下的土備用，因為15～20厘米以下的土很少有線蟲、胡桃肉狀雜菌和疣孢霉菌等潛伏性的病蟲和雜菌。
（2）制作：把從田里取回的土放在水泥地上攤開、打碎、曬干、篩去土中的雜質；取當年新鮮無霉變、無蟲的礱糠，用0.1%、pH10以上的石灰清水浸泡24小時后撈起，按土、糠3:2的體積比拌勻，再用0.1%、pH8～9的石灰清水對礱糠土調水，一直到手握能成團，撒手能散開的含水標準，制成的覆土材料pH值為7.5左右，土、糠不能分離。
覆土方法
（1）覆土時間：以菌絲長滿培養料料層時為覆土時間，一般是播菌種后15～20天。有的為了早出菇，不等菌絲長到底就覆土，在這種情況下，料表的菌絲繼續往土層上面生長，而料內的菌絲則往下生長。由于菌絲分別向兩個方向生長，爬土慢，反而會延遲出菇時間。
（2）覆土方式：不分粗細土，一次性覆土。
（3）覆土厚度：3～4厘米為宜，且保持厚度相對一致。
