1、所謂搔菌就是用搔機(或手工)去除老菌種塊和菌皮，這是促使菌絲發生原基的重要措施。通過搔菌，可使子實體從培養基表面整齊發生。在一般情況下，應先搔菌絲生長正常的瓶子，再搔菌絲生長較差的。若有明顯污染，以不搔為佳。搔菌方法有平搔、刮搔和氣搔幾種。平搔不傷及料面，只把老菌扒掉，此法出菇早，雜數多;刮搔老菌種和5毫米的表層料(適合鋸末)一起成塊狀刮掉，因傷及菌絲，出菇晚，朵數減少，一般不用;氣搔是利用高壓氣流把老菌種吹掉，此種方法最簡便。
2、搔菌后，應及時進行催蕾處理。此階段溫度應控制在12～13℃，給予足夠低溫刺激，促使原基形成。但在頭3天內，還應保持90%～95%的空氣相對濕度，以使菌絲恢復生長。此后由于呼吸轉旺，二氧化碳含量升高，所以在菌絲恢復生長后，應逐步加大通風，同時要防止料面干燥，用增濕器進行增濕。催蕾時，每平方米疊放240個瓶子。約7天左右，便可看到魚籽般的菇蕾，12天左右便可看到子實體雛形，催蕾結束。
