菌絲培養階段俗稱養菌，菌絲的生長過程通過將基質轉化為自身營養，并在體內積累，養菌質量直接關系到將來出菇的時間、產量和質量，養菌具體要求如下：
1、養菌棚、室要求：干燥（空氣相對濕度在60-70%）、衛生、暗光、恒溫（24℃左右為佳）、通風。
搭建養菌棚，要遠離污染源，周圍無養豬、養雞場、廁所等，無垃圾廢物，腐朽及不潔凈的草簾等物不能搭在棚內層，避免滋生雜菌造成漫延，危及菌袋。
菌袋入棚前，必須對棚內和棚周圍進行嚴格清掃消毒、滅菌，確保養菌環境安全。
2、菌袋排放：菌袋進入養菌棚室，堆放高度1米左右，堆與堆之間要留有空隙和人行道，便于出入管理。
3、溫度調節：菌絲生長最佳溫度23-25℃，保持恒溫發菌是關鍵。溫度會直接影響菌絲生長速度和質量，溫度高時容易造成燒菌雜菌污染，還會造成菌絲徒長，易衰老，活力抗性不強，在適宜溫度范圍內，溫度偏低，生長速度雖有所下降，但菌絲體健壯，活力強，抗性強。(在實際管理時建議按22-23℃為宜，菌絲健壯生長，菌絲密度大，有利于控制雜菌)，冬季溫度低注意增溫保溫，用煤火加溫時，要安裝排煙管，防止煤氣中毒或失火事故發生，爐火管道或送熱管道與菌袋要保持一定距離，以免高溫燙傷菌絲造成損失。后期溫度高時，要注意通風降溫。養菌全程要求平穩，溫度忽高忽低會影響菌絲生長。冷天低溫季節，通風時間要選擇在中午高溫前后。整個養菌期始終要防止高溫燒菌，冬春冷天時間較長，如果不采取加溫保溫措施，溫度達不到要求，菌絲長期處于低溫不能生長，會影響生理不能按時成熟，出菇期推遲。4、翻堆檢查：接種10天后(或菌絲長到8-10公分時)，翻堆檢查。菌絲發育生長的正常不正常，先看菌絲是否潔白旺盛，有沒有發黃發紅等現象，正常的菌絲呈放射狀向周圍均勻整齊生長，若發現不規則狀花斑或點狀現象，要看是否袋里有雜菌感染。
①小面積輕微雜菌感染，局部注入殺菌藥劑（如酒精）后移至通風、暗光處隔離培養，鏈孢霉用塑料袋包裹，小心移出室外放在陰涼通風處蓋好或者深埋養菌，感染較嚴重的徹底隔離，晾干摻加新料重新滅菌接種。
②發現沒有發菌的“死穴袋”要重新補接菌種。
③發現發黃發暗紅則應考慮溫度高或缺氧或菌絲不旺，可以通過刺孔增氧生長后，明確找出原因。
5、刺孔管理
香菇屬好氧真菌，在生命活動過程中，不斷吸進氧氣，放出二氧化碳。菌絲短期缺氧時，能借助酵解作用暫時維持生命活動，但要消耗大量營養物質，菌絲逐漸衰弱老化，縮短壽命。菌絲嚴重缺氧時，生長受阻，培養料難以被菌絲覆蓋，易染雜菌。香菇菌袋在培養階段，一般要經過三次刺孔過程。通過刺孔使菌絲吸氧充分，使生長處于活躍狀態，代謝活動加強，使菌絲健壯生長。
刺孔的原則是：做好工具消毒，先少后多，先淺后深，先細后粗，在料面結合緊密處刺，不能帶起薄膜，不能觸及生料。不能在瘤狀物上刺，不能在雜菌感染處刺，氣溫在30℃以上時不刺，料袋過松不能刺小孔，待菌絲長滿袋再刺孔，大袋、濕袋適當多刺孔。
第一次刺孔：當菌絲長到8-10公分大小，用牙簽刺孔4-6個，深0.5-1公分，刺孔后菌袋“井”字型排放6-7層，堆與堆之間留空隙。定期通風。
第二次刺孔：菌絲大部分相連，菌絲占袋三分之一或一半時第二次刺孔，用毛衣針每穴刺6-8個，深2公分，加長通風時間。（菌絲相連時及時脫去外套袋）
刺大孔：第三次刺孔應在菌絲長滿半月后瘤狀物達2／3時刺大孔，刺孔筷子頭粗細即可（5毫米左右），每袋刺孔50—80個，刺孔多少根據袋子干濕度、袋子大小情況掌握和養菌環境而定，刺孔后三四天內不要濕水。
每次刺孔以后，菌絲經過刺孔增加氧氣，活力增強，生長速度新舊代謝加快，自身會產生熱量，袋溫會持續升高，特別是刺大孔后，袋溫往往比氣溫高5℃以上，這時必須注意溫度變化，及時疏散菌袋，改變堆形加強通風降溫，防止高溫燒菌。通風換氣是養菌過程最有效的增氧降溫方法，也是管理的關鍵，時時刻刻都應注意。隨著生產規模的擴大，不少人不刺小孔或者少刺小孔，也不翻堆，表面雖看不出明顯區別，但對出菇有影響，對高產有影響，所以不要圖省事、怕麻煩、怕開支而不刺小孔。整個養菌期一定要做到勤查勤看，隨時發現問題，隨時解決問題，不能拖延。每次入棚檢查時，都要先將棚門打開。通風后，操作人員再進入棚里，以免棚內缺氧造成人員窒息，危及生命安全
