木耳生產的污染率高是普遍反映的問題，一個是菌種，我們要純化，母種、原種、栽培種一定不能有雜的，特別是春季制種的時候，我們不提倡用麥粒種，不提倡用稻種，秋季可以用。最好是用棉籽殼種。因為麥粒種和稻種營養比較全面，很容易炸，所以種木耳的時候我們最好提倡鋸木屑制種、制原種或原種，或者免植科制栽培種都可以的。這是在制種方面的要求，不能有污染。第二個，在接種的時候，原種接種、栽培接種等，這個接種過程一定要操作嚴格，不能有污染。有一個污染，最后就會造成菌群污染。產生霉菌的一個很重要的原因是濕度過大，木耳的濕度不能過大，一般是在80%到85%左右，過大以后一個是濕度過大溫度高，容易爛耳，爛耳之后就造成污染。所以對木耳的管理的溫度、水分一定要控制。溫度不能超過25度，超過25度就要采取結膜、開門窗通風等措施。如果溫度太高的話，甚至要把木耳放到地板上，用井水、山區的泉水大量澆灌，盡快降低溫度。對待菇蚊和菇蠅這個方面，以預防為主，可以在種箱、木耳附近掛浸有敵敵畏的棉球，一定要掛在周圍，不能掛在木耳之間，那么菇蚊和菇蠅等嗅到敵敵畏的味道后就會回避，不會再來了。但棉球要經常換，至少一天換一次。這是對菇蚊和菇蠅的防治，另外，如果有條件，門窗可以裝防蟲網紗或塑料紗，這樣對蚊蟲的防治有好處。如果有蟲子、菇蚊和菇蠅的，一般不提倡治。
