一、主要病害
雙孢菇栽培中主要有真菌病害、細菌病害和病毒三大病害，從培養料的發酵階段到出菇結束均可發生。
1. 白色石膏霉 培養料覆土前后，料面或者土層表面產生一種有光澤的白色斑塊狀菌絲，白色或絨毛狀邊緣，中間逐漸變成粉末，形狀像石膏粉，以后逐漸轉為黃褐色，聞有腥臭味，發生后周圍不會出菇，這是培養料堿性問題指示菌。通常認為是發酵不良和pH值太高造成的。防治方法：提高堆料發酵質量，堿性高時可用15%過磷酸鈣溶液噴灑以降低pH值。清除病菌斑塊，噴多菌靈消毒感染部位。
2. 褐斑病 病原菌孢子常粘成一堆，通過濺水、菇蠅、螨類及工具、氣流、覆土等傳播，菇房內潮濕或培養料和覆土潮濕時該病易發生。病菇菌蓋上產生許多針頭狀褐色斑點，后逐漸擴大，并產生灰白色凹陷，嚴重時病菇干裂。不產生液汁，不腐爛，最后干枯死亡。防治方法：加強菇房通風換氣，降低濕度。勞動工具用4%甲醛溶液消毒。已發病的地方可噴灑500倍的多菌靈溶液。
3. 褐腐病 褐腐病又稱白腐病、濕泡病等。幼菇受侵后無法進行下一步的分化發育，后期則形成不規則的灰白色“疙瘩頭”或畸形菇。褐腐病病原菌為疣孢霉，該病菌可在土壤中長期存活，其厚垣孢子在土壤中可休眠數年，一般首次侵染主要是厚垣孢子萌發形成的，菇棚內再度加重侵染以至病害蔓延。病菌孢子通過空氣及人體、工具等渠道傳播，可噴施500倍冠菌清防治，共噴2～3次。
二、主要蟲害
1. 菇螨與菇蠅 菇螨蟲體小，肉眼不易看清，容易造成危害，常咬斷菌絲并在菇體上爬動，還可叮咬人類。該蟲卵是從牛糞、雞糞中帶到培養料中，常見群生，每群數千計，開始時白色、黃色，后來逐漸長大成深褐色并分散到培養料中，幼蟲群居時為最佳防治時期。菇蠅幼蟲是一種白色的蛆，頭部尖、尾部鈍，將菇體咬食成一條條1毫米粗細的小孔道，成蟲淡褐色或黑色，觸角很短，能在表土層與草料層上下鉆行。兩種害蟲的防治分兩個階段：一是材料發酵階段，在培養料堆制并翻倒過程中，在材料表面噴灑聚酯類農藥；二是出菇前在覆土表面進行噴施。出菇后不要再噴施農藥了，以免影響產品質量和產量。
2. 跳蟲 幼蟲白色、成蟲灰藍色，體積小，柔軟無翅，體長很少超5毫米。從傷口或菌褶部分侵入，主要咬食子實體。防治方法：床面出菇前發現跳蟲時，可噴灑40%敵百蟲乳油250倍液或70%的氧化樂果乳油500倍液，也可用80%的敵敵畏乳油1000倍液加少量蜜糖誘殺；床面出菇后，可噴灑1.1%的復方苦參植物素500倍液防治，也可用80%的敵敵畏乳油1000倍液加少量蜜糖誘殺。
三、雜菌
1. 鬼傘 鬼傘系草腐性真菌，它的危害主要是消耗料內養分，與蘑菇爭奪生存空間。一般發生在播種后4～6天，料面上有稀稀拉拉的黑色傘狀子實體出現比較正常，但如果過于稠密，說明培養料沒有處理好，如堆料pH值過低，采用了霉變麥草，料內溫度過高，堆料中游離氨含量高。防治方法：采用新鮮原料，提高發酵質量，盡量使用石灰粉，加強溫濕度管理，發現后及時拔除。
2. 青霉菌 播種后經常出現該雜菌污染。在高溫、高濕條件下，首先感染菌種造成播種失敗。發生時先由青霉分生孢子，在1～2天內，迅速萌發成菌絲體，繁殖迅速，很快就長出綠色孢子。防治方法：播種時菌種不要埋藏太深，要注意通風、降溫、保濕。
3. 黃霉菌 黃霉菌種類較多，菌絲體初期呈白色，后期為淡黃色，該菌可溶解蘑菇菌絲體而造成危害。在培養料過厚、含水量高的條件下黃霉菌容易發生蔓延，有時也感染菌種。防治方法：播種時菌種不要埋藏太深，注意菇房通風、降溫和保濕。
