雙孢蘑菇的栽培過程中，常多生如下病害：
軟腐病
又叫霉菌病、菌被病。感病初期，在菌床上形成一層白色菌絲，似棉絮狀，擴展后，覆蓋整個床面，造成出菇減少或不出菇。
該菌喜在有機質豐富且潮濕的土壤中生長。在高溫、高濕和培養料含水量偏高的條件下，生長繁殖快。
防治方法：培養料要進行高溫堆積發酵；覆蓋用土要取地表下層土且拌入1%～2%的石灰粉拌勻土粒；減少床面噴水，加強菇房通風；在患病部位撒石灰可預防本病的流行；出現該病后，及時排除病菇，并噴灑50%多菌靈1000倍液或2%～5%的甲醛溶液等殺菌劑進行處理。
魚子菌
在培養料上長出許多圓形米黃色小顆粒，形如魚子，故稱為“魚子菌”，該菌除了與蘑菇爭奪養分外，還分泌毒素，散發出腥臭味，擬制蘑菇菌絲生長，造成減產。
培養料發酵不良，形成“夾生料”；濕度過大，培養料偏酸性，以及培養料成團變黑變黏，就會引起魚子病的發生。
防治方法：培養料要發酵徹底，堆制發酵時間不宜過短；控制好培養料水分和酸堿度，培養料含水量以手握料不滴水為宜；培養料要疏松，不黏結成團，不發黑，無臭味，PH值為7.5～7.8；出現魚子菌后，停止噴水，用300～500倍波爾多液澆灌，抑制病原菌的擴展。
木霉
木霉又叫綠色霉菌，菌絲初為白色棉絮狀，產生孢子后逐漸變綠色，最后呈黑綠色。它能產生毒素，抑制蘑菇菌絲的生長，產生毒素致死幼菇。
該病菌通過孢子傳播感染，培養料堆制發酵不良和菌種生長良時，易感染木霉類雜菌。而孢子主要靠空氣傳播，當接種消毒不嚴栽培環境不衛生時，也極易感染病菌。
防治方法：培養料要求新鮮、干燥，嚴格按照堆制發酵程序進行，堆制發酵要充分，最好用1%石灰加0.1%多菌靈拌料；播種用菌種要求無木霉感染，生長健壯，菌絲體濃密，菌齡短；當病害點狀發生時，將霉點去掉，用石灰或濃石灰水覆蓋發病部位；如果木霉菌侵染嚴重，可用50%多菌靈1000倍液，或克霉靈1000倍液進行局部澆灌，抑制木霉菌擴展。
青霉
青霉在土壤中繁殖后，它與食用菌爭奪營養、水分，并分泌毒素抑制雙孢蘑菇菌絲體向土壤中生長，在料面上形成深綠色至藍綠色的菌落，老的菌落表面交織在一起形成一層膜狀物，隔斷料面吸收空氣，從而造成不出菇。
土壤中含有有機質和秸稈較高，并帶有青霉菌是造成病害發生的主要原因。通風差、濕度大、悶熱，也易導致青霉的大量發生。
防治方法：覆蓋土壤應去掉表層土壤，取下層土壤覆蓋；培養料用1%石灰加0.1%多菌靈拌勻；點狀發生時，用50%多菌靈1000倍液進行澆灌感病部位，抑制青霉擴展；菌床上噴灑0.2%的多菌靈、代森鋅等；感染嚴重的并且面積較大時，應去掉覆蓋的土壤，噴灑殺菌劑后，再覆蓋新鮮土壤。
褐斑病
又叫斑點病、凹斑病。子實體感病后，首先長出白色絨毛狀菌落，隨后在菌蓋上出現褐色凹陷病斑，其內充滿分生孢子，受害的菇畸形，菌柄腫大或彎曲，最后枯死，但菇體不腐爛，無臭味。
自然條件下，該病生長在水稻田土禳中，在溫度偏高的條件下易發病，能通過覆土和噴水時傳染。
防治方法：培養料要進行充分的腐熟發酵；覆土材料要取下層土壤，用甲醛噴灑后，塑料薄膜覆蓋悶殺24小時；覆蓋在菌床上的草簾要經常調換覆蓋面，不宜一直只用同一面覆蓋，否則在草簾受潮后，孳生雜菌而傳染蘑菇子實體，同時在草簾上噴灑50%多菌靈1000倍液等殺菌消毒；保濕用水要使用清潔井水或河水，不能使用污水；氣溫較高時，要加強通風換氣，降低濕度；出現該病后，及時去掉病菇，并停止噴水，噴灑2%次氯酸鈣或2%～5%甲醛或500倍多菌靈溶液。
銹斑病
蘑菇子實體上出現銹色斑點，或者為褐色斑點，與褐斑病不同的是不產生凹陷。
該病原菌生活在土壤和不清潔水中。在高溫、高濕條件下危害嚴重。
防治方法：所噴水要使用清潔井水或河水，不能使用污水，以免水中帶菌傳染；加強通風換氣，降低溫度和濕度，溫度控制在20℃以內，濕度保持在85%～95%之間；出現病害后，摘除病菇，然后噴灑多菌靈、克菌等殺菌劑。
菌絲體徒長
雙孢蘑菇的料床覆土后，菌絲沿著土粒不斷向表層生長，形成一層濃密的菌絲層，結果造成出菇推遲或很少出菇，從而降低質量和產量。
發生原因：培養料腐熟過度，含氮量及含水量過高，容易引起氣生型菌絲徒長。棚內通風不良，溫度超過22℃，空氣相對濕度太高等也易造成菌絲體徒長。
防治方法：調水不要過輕，細土噴水不要太急，要在早晚涼爽時噴水；要加強通風，控制菇棚內的溫度；覆土層菌絲徒長較輕的，再覆一層薄土，較重的用刀子劃破菌皮，挑掉菌塊，補覆細土，噴重水，增大通風。
地雷菇
子實體在土壤中生長，受到土塊的壓抑；菌蓋上有泥土出菇凹凸不平，降低了蘑菇質量，并影響了下一批蘑菇。
料堆過厚，且料中混有泥土，使幼菇在料深處形成。覆蓋的土層過厚或者含水量低，抑制了菌絲向土層的生長，從而使幼菇在料內形成。菇層內空氣濕度太低，出菇過早，結菇部位低。
防治方法：播種時，不能在培養料中混入土粒，以免在料層中土粒上結菇，造成結菇部位低，而無法長出土表；覆蓋用土粒不宜過大，以免幼菇生長無法頂破土粒而在土塊下面生長，覆土也不要過厚，以3.5～4cm為宜；誘導出菇須及時，在菌絲生長到距土壤表面1cm時，噴水誘導出菇；結菇部位低的菇要及時采收，以免長大后變成畸形，特別是在春季，易出現地雷菇。
