猴頭菇在栽培過程中，常由于通氣不良，水分管理不當，或溫度過高，濕度偏低等原因，引起子實體發育不良產生畸形。如生長中片面強調濕度，通風透氣差,二氧化碳濃度超過0.1％時，就會不斷刺激子實體基部產生分枝，形成珊瑚狀，以致不能形成球狀子實體，影響產品質量。若遇25℃以上的高溫，加上空氣濕度低時，則易出現不長菌刺的光禿形子實體。
防止和克服畸形猴頭菇的主要辦法是：出現珊瑚狀子實體時，應加強通風透氣，促進子實體健壯生長，其癥狀就能很快消除，對已形成珊瑚狀的幼蕾，應立即將它連同表面的一層培養料一起挖去，條件適宜就能長出正常的子實體。產生光禿形于實體時，則要加強水分管理，采用向空間噴霧化水或地面灑水；以降低溫度和補充水分。此外，由于菌種傳代次數過多，種性退化，產生畸形猴頭菇時，應采取提純復壯，培育優良菌種，提高種性和純度。
