當黑木耳的耳片充分展開，耳色開始轉淺或腹口開始產生白色孢子粉時即可采收。采收前要停止噴水24小時，使黑木耳基部稍有收縮，以利采摘。
采耳時間，應選擇雨后天晴或晴天早晨。春耳和秋耳要摘大留小，伏耳則大小一齊采收。采收方法有兩種：一種是用手抓住耳的基部旋轉摘下，注意不要拉斷耳片，以免殘片留在料表腐爛，另一種是用鋒利的刀片齊袋壁削下。收耳后停水3～5天，以增加培養料的通氣性，使菌絲復壯，抑制雜菌生長。
收下的黑木耳要去除耳根處的料，及時曬干或烘干，若遇晴天，2～3天即可曬干；如遇陰雨天，可用木制的烘箱（分數層，每層相距15厘米，上放鐵絲篩子）烘干。烘箱下面放電爐，最下一層篩距電爐60厘米。烘箱上面有通氣管，以排除濕空氣。將鮮木耳置于鐵絲篩上，烘24～36小時即成干品。干木耳用塑料袋包裝后放在干燥處貯藏。
黑木耳是我國食用菌的一項大宗產品，但長期以來，在生產收購、調撥和出口上，沒有一個較為科學的全國性標準，全憑感官檢驗，加之加工、包裝各地各不相同，造成等級混亂，價格懸殊，有的甚至摻雜摻假，損害了消費者利益。為了改變這種狀況，從1982年起商業部組織有關部門，通過調查、研究，起草了我國第一個黑木耳國家標準；并經國家標準局批準，從1986年8月1日起在全國實施，現摘錄質量指標如下：
一級：耳面黑褐色，有光亮感，背面灰色。無拳耳、流耳、蟲蛀耳和霉爛耳。朵片完整，直徑超過2厘米，耳片厚度1毫米以上。含水量不超過14％，干濕比1:15以上。含雜質量不超過0.3％。
二級：耳面黑褐色，背面暗灰色。無拳耳、流耳、蟲蛀耳和霉爛耳。朵片基本完整，直徑超過1厘米，耳片厚度0.7毫米以上。含水量不超過14％，干濕比1:14以上。含雜質量不超過0.5％。
三級：耳的色澤為黑褐色至淺棕色。拳耳不超過1％，流耳不超過0.5％，無蟲蛀耳和霉爛耳。朵形小或含碎片，但直徑超過0.4厘米。含水量不超過14％，干濕比1:12以上。含雜質量不超過1％。
