黑斑病和銹斑病是金針菇栽培中常見的兩種病害，既影響產量，又影響品質。其防治方法分別如下：
一、黑斑病
黑斑病是一種由假單孢菌引起的細菌性病害。發病后，金針菇菌蓋出現橢圓形褐色或深褐色斑點，初為針尖狀，擴大后直徑達2～4毫米，邊緣整齊，有時菌蓋開裂。該病以危害菌蓋為主，患病的菌蓋再傳播到相鄰的子實體，嚴重時整個菌蓋變成黑色，有輕微的臭味。病重時金針菇失去食用價值。
防治方法：預防金針菇黑斑病，最重要的是控制好適宜的溫度和濕度。對菇房灑水時，不可將水直接灑在金針菇子實體上，特別不可用冷水噴灑，否則會使菌蓋因吸水過多而誘發黑斑病的發生。菇房內的濕度不宜長時間超過90％，要看天氣變化灑水，晴天灑水要輕、勤、細，陰雨天要少灑或不灑水。每次灑水后先加強通風，然后覆蓋地膜。出菇期間室內氣溫應調至17℃以下。發病后要及時將病菇摘除，并噴灑每毫升含100～200單位的農用鏈霉素或漂白粉６00倍液。
二、銹斑病
銹斑病是由假單孢菌引起的病害。感病金針菇的菌蓋產生有銹色斑點，主要是浸染金針菇菌蓋。初期為針頭狀，后擴大成芝麻粒大小，邊緣雖不整齊，但病斑之間可互相聯合成不規則的大銹斑。該病的病原菌存在于培養料及漂浮在空氣中，在高溫高濕、通風不良等條件下銹斑病最易發生。
防治方法：為預防銹斑病的發生，對菇房灑水時不要直接灑向子實體，以防止料面出現積水。灑水后應及時通風，室內的空氣相對濕度不要長時間超過95％，菌袋表面覆蓋地膜時要待子實體水分晾干后。發病初期，應防止病菌向健康子實體蔓延，并用50％的多菌靈800倍液或每毫升含100～200單位的農用鏈霉素噴灑。
