1.多代無性繁殖。一般經5～6代無性繁殖后就開始出現退化現象，但在不同土質上栽培，退化的快慢程度有差異，用花崗巖土壤栽培的退化較慢，其次為黃棕壤沙土母質，頁巖或石灰巖風化形成的偏酸性土壤。
2.連作。一般情況下，頭年產量高，次年低，3～4年后，產量迅速下降。
3.蜜環菌退化。先是表現為適應性、抗逆性降低，菌索生長緩慢；繼而出現菌索無彈性、易碎，甚至變成空殼。隨著轉接代數不斷增加，蜜環菌在菌材上形成又粗、又長、又多而分枝的棕黑色菌索網。
4.密集深層栽培。此法導致天麻生長過程中缺乏氧氣，而導致生命力下降。
5.病害。老種麻、老菌材、老窩子最易感病，輕者生長不好，重者絕收。
6.高溫。誘導加速發病，造成天麻生長不良，最明顯的是箭麻頭部呈“瓶頸”狀，米麻、小白麻增多，爛麻增多。
防治方法：①用野生種和異地引種，特別是從地勢高處向低處引種。②篩選培育優質蜜環菌種，提純擴大，分系比較，復壯繁殖，培育優質菌材，用優質疏松的培養料作填充料和覆蓋物。③更換栽培場所，選用酸性沙壤土，避免連作。④采用有性繁殖技術。有性繁殖和無性繁殖相交替，有性繁殖的球莖只種4～5代。⑤應用雜交種。⑥嚴防病害。
