病害
尤以綠色木霉為害損失最大。培養料被污染后，菌落初期為白色棉絮狀，無固定形狀，然后從菌落中心到邊緣逐漸變成淺綠色，菌落累積沉淀后轉為深綠色，向外逐漸變淺，邊緣呈白色，并出現粉狀物。木霉菌絲接觸寄主菌絲后，能把寄主的菌絲纏繞，切斷，還與平菇爭奪基質養分，在高溫高濕環境下，料面上形成大片綠色霉層，分泌的毒素能抑制平菇菌絲生長。子實體受到侵染后，先在菌柄一側出現微褐色水漬狀病斑，然后擴展到菌蓋上，出現小褐斑，病斑擴大出現霉層，平菇菌絲無法逾越，進而使培養基變質，發軟發臭，嚴重時整個子實體腐爛導致整床腐爛，大幅減產。為了減少雜菌對平菇侵染的損失，在對應措施上，要抓好以預防為主的綜合防治：
預防病菌入侵：選用抗病平菇菌種，特別是抗綠色木霉的品種；凈化菇房環境，使菇房保持低溫、低濕、低二氧化碳，讓空氣流通、保鮮。盡可能創造20~25℃、濕度為60%的生存空間；搞好菇房消毒，可用10公斤清水，加15克來蘇爾或甲醛溶液噴霧，熏蒸1天菇房。
生料的處理：用500公斤生料，配250毫升惠滿豐或莊福星活性液肥，兌清水拌和，拌和后的生料：未發現生料感??；菌絲生長快，鋪得厚，色澤白；袋料出菇后，子實體飽滿，含水量高，不易被風吹干；出菇時平菇個體堅韌，不易破碎，商品率高。用100公斤生料，加克霉靈80克拌和，或用50%多菌靈或甲基托布津兌水拌和。
已感病病灶：對已感病的病灶要噴藥滅菌：⑴用5%石炭酸液或75%百菌清可濕性粉劑1000~1500倍液噴施。⑵用50克克霉靈溶液，加水10公斤噴施。⑶用生石灰90克，多菌靈10克，兌水3~4公斤，灌刷被感病的病部。
蟲害
引起雜菌感染的重要環境因子是溫度和濕度。平菇菌絲生長的溫度范圍對所有霉菌也都適合，只是霉菌最合適的溫度和濕度略高些，因此，在菌絲培養階段，稍微疏忽溫度上升至28~30℃以上，如果濕度也大，雜菌就猖獗起來。而且蟲卵也紛紛孵化，螨類也隨之而來，病蟲害一旦蔓延之后就難以驅除，另外，平菇對敵敵畏極為敏感，低濃度的敵敵畏都會致使小菇蕾枯死。一旦發生，則采用生態防治、生物防治和化學防治三者結合的綜合措施來控制蔓延。
控制主要的環境因子：針對溫度、濕度是引起病蟲害的主要原因，所以栽培過程中要采取相應預防措施： 溫度：根據各氣候條件，掌握各地區各品種的安全播種季節。如果人工控溫下栽培時，室溫不宜超過22℃。料溫不超過25℃。濕度：培養料含水量控制在60~65%之間。菌絲生長階段的空氣相對濕度控制在70%左右。
雜菌的預防：培養料要新鮮，無霉爛變質，配料前先暴曬1~2天。每次栽培前培養室及用具都要清洗、熏蒸。生料栽培時，培養料盡量少加或不加有機氮源和糖類物質。菌種量要大，加速菌絲生長速度，優先占領養料，即制其它雜菌繁殖。注意防鼠堵塞鼠洞。
常見雜菌及其防治：栽培平菇時常見的雜菌有木霉、青霉、曲霉、脈孢霉、根霉、枝孢霉、粘菌、鬼傘類以及酵母等。在開放式栽培中，發現雜菌可用石灰粉遮蓋污染部位；封閉式栽培中可用注射器或滴管將殺菌藥液按比例稀釋后注射或謫到污染部位。常見的殺菌劑有高錳酸鉀1000倍液、甲基托布津1000倍液；多菌靈（含量50%）1000倍液，含量25%的500倍液等。
蟲害防治：平菇栽培時常見的害蟲有：線蟲、螨類、蚋、鼠、蟻、蛞蝓、蝸牛、馬陸、果蠅、菇蚊等。藥劑防治可用2.5%溴氰菊脂乳劑2500倍液噴霧；用燈光和糖醋液誘殺蠅類；骨頭烤香誘殺螨、蟻類；用鹽殺蝸牛、蛞蝓等。
