食用菌的菌種是用孢子或子實體組織、菌絲組織體萌發而成用來當做播種材料的純菌絲，通常則是指進過人工培養的純菌絲體（摘自常明昌主編《食用菌栽培學》）。食用菌菌種的最初則是來源于對新鮮蘑菇子實體的分離，所以在食用菌的人工制種中，組織分離法成為食用菌制種的基本方法，組織分離法的理論依據是細胞的全能性，即任何細胞在適宜條件下都能發育成新個體。實際上，組織分離下的純菌絲體，存在被雜菌污染的可能。
食用菌菌種不純主要有兩個方面原因。一方面，嚴格無菌的菌種分離過程是相對的，絕對的無菌環境是相當難得到的，這使分離下的菌種存在雜菌的可能；另一方面，盡管我們對分離蘑菇的子實體進行了表面消毒，并且取就中間的分生能力較強的部分，但是不同的蘑菇子實體依然還可能存在共生細菌。
菌種不純嚴重的影響了食用菌的生產。一方面將直接加大食用菌生產污染率，增加食用菌生產的成本，顯著影響食用菌栽培農戶或食用菌生產企業的經濟效益；另一方面，共生細菌的存在是造成食用菌栽培和生產重復率低的一個顯著因子，在食用菌第一、二個周期生產中，細菌處于劣勢共生體，隨著共生細菌對環境的適應能力的提高，雜菌會成為與蘑菇爭奪袋料營養的主要對手，進而造成污染率升高，影響食用菌生產的可持續發展。
所以，菌種純化是食用菌菌種生產中必要的環節。我們進行菌種純化的主要要以下兩種方法。
1、對分離下的母種進行液體二次培養
將分離下的母種接種于裝有不添加瓊脂的PDA培養基的試管中，進行室溫培養3 d后檢查，如果培養液在搖晃下是清澈的，則說明是該菌種純的，可以用于食用菌生產，如果在搖晃條件下培養液是渾濁的，則說明共生細菌是存在的，棄之不用。
2、對分離下的母種進行培養基分割培養
首先用3 mm厚的牛皮紙將培養皿隔成兩部分，兩邊各倒入PDA培養基，使培養基面剛好與紙相平，保證表面不能流通，然后將分離下的母種接到一邊，而通過氣生菌絲上到另一邊的菌絲為純菌絲體，可用于食用菌生產。
菌種制作工作是食用菌生產的源頭工作，只有純化的菌種才能取得食用菌的高效益生產。
