食用菌菌種質量的優劣直接關系到廣大栽培者的經濟利益，同時也會影響制種者的信譽。因此，菌種質量鑒別非常重要。
一、優質菌種的標準。食用菌的種類繁多，優質菌種的標準因品種的不同而異，但總的說來，每一個優良菌種都有“純、正、壯、潤、香”的共性。標準是：⑴菌種的純度要高，不能有雜菌感染，也不能有其他類似的菌種。⑵菌種色澤要純正，多數種類的菌絲應潔白、有光澤，原種、栽培種菌絲應連結成塊，無老化變色現象。⑶菌絲要粗壯，分枝多而密，接種到新培養基后吃料快，生長旺盛。⑷培養基要濕潤，與試管(瓶)壁緊貼而不干縮，含水適宜。⑸具有每個品種特有的清香味，不可有霉、腐氣味。
二、菌種質量的鑒別方法
1、直接觀察。對引進的菌種，首先用肉眼觀察包裝是否合乎要求，棉塞有無松動，試管、玻璃瓶和塑料袋有無破損，棉塞和管、瓶或袋中有無病蟲侵染，菌絲色澤是否正常，有無發生老化。然后在瓶塞邊深吸氣，聞其是否具有該菌種特有的香味。原種和栽培種可取出小塊菌絲觀察其顏色和均勻度，并用手指捏料塊檢查含水量是否符合標準。
2、顯微鏡檢查。若菌絲透明，呈分枝狀，有橫隔，鎖狀聯合明顯，再加上具有不同品種固有的特征，則可認為是合格菌種。
3、觀察菌絲生長速度。將供測試的菌種接入所配制的試管斜面培養基上，置于最適宜的溫、濕度條件下培養，如果菌絲生長迅速、整齊濃密、健壯有力，則表明是優良菌種，否則即是劣質菌種。
4、出菇試驗。經過多方面考核后，認為是優良菌種的，可進行擴大轉管，然后取出－部分母種用于出菇(耳)試驗，以鑒定菌種的實際生產能力。出菇試驗常用的方法有瓶栽法和壓塊法兩種，置于最適宜的溫濕條件下培養，觀察菌絲生長速度、吃料能力、出菇速度、轉管快慢、子實體形態、產量和質量等來綜合評價菌種的優劣。
