在無菌條件下操作，黑木耳用整塊菌種接入，接種后轉入培養室培養。培養室應事先打掃干凈，用硫磺熏蒸消毒或用5%的苯酚或過氧乙酸噴灑墻壁、空間及地面。待藥劑的氣味散發后，再搬進接種后的菌袋堆成平行堆或“井”字形。菌絲進入以下幾個生長期。
?。?）萌發期：即接種后15d內，室內溫度頭10d以26～28℃為宜，使菌絲在最適的環境中加快吃料，定植蔓延，占領培養料，成為優勢，減少雜菌污染，但不宜超過30℃。10d后隨著菌絲的生長發育，袋內溫度逐漸上升，一般袋溫會比室溫度高2～3℃，因此，要把室溫調節在22～24℃。
?。?）健壯期：20d后是菌絲分解吸收營養能力最強階段，菌絲呈現旺盛、健壯，新陳代謝加快，袋溫繼續升高，室溫以22℃左右為宜。此時因特別注意散堆，防止氣溫反常，應加大通風次數。
?。?）成熟期：即40d之后，菌絲進入生理成熟階段，即將由營養生長過渡到生殖生長。袋溫逐漸下降保持20℃左右，觀察溫度變化，注意菌筒變化，及時散堆，避免“燒菌”。發現大部分菌袋的接種塊處有原基現出時轉入出耳管理。
