對覆土材料進行有效處理，是防止帶病進棚的重要環節。覆土材料的殺菌處理，我們傾向于暴曬、藥物、堆悶的辦法，選擇覆土材料后，在硬化地面進行暴曬，隨著翻動，使土粒保持在0.5厘米以下的粒度，多為粉末狀，配制100倍蘑菇祛病王溶液邊噴邊拌，反復2次，建棚后覆膜進行堆悶，效果極好。
基料處理要嚴格，這是確保“不帶病進棚”的關鍵環節。該階段包括干料的暴曬處理，堆酵處理的均勻一致和裝袋播種的規范化、熟料接種以及培養發菌等環境的清潔殺菌。完成發菌后，菌袋進棚前應配制200倍蘑菇祛病王溶液，盛于大盆等容器，將菌袋逐浸洗一遍后再進棚。
菇棚內經常噴灑殺菌抑菌藥物，是出菇管理過程中主要的預防手段。自菌袋進棚或基料進棚播種后，即應經常噴施藥物，以達預防病害之目的。由于棚內相對密閉，通氣相對較差，加之空氣濕度偏高和溫度較恒定，故可誘使病害的發生。
將病害消滅在萌芽之中。初發之時，是防止病害大量繁殖形成危害的主要措施。對初發病害，應下狠心進行徹底處理對菌袋立體栽培的，連同發病菌袋清理出棚，浸藥后深埋處理。數量較大時，可噴藥后進行堆悶，也可撒拌石灰粉后進行堆悶，方法是；建堆后，用稀泥巴將料土堆封堆，令其自然發酵、產熱，殺死病菌。對覆土栽培的，應擴大病區范圍連同基料一控到底，清理出棚。
有效防止和殺滅害蟲，也是防治病害的重要措施之一。
大多害蟲往往攜帶大量病菌，一旦進棚，即可形成“病源”，到處傳播，形成蔓延，因此在防治病害的時候，萬不可忽視對蟲害的控制和殺滅。主要措施有：清理外部環境，噴施高效低毒藥物控制蟲源；菇棚門口撒施2米以上石灰過道，以防爬蟲類進入；通風口、門口封掛防蟲網，以防飛蟲類進入；發現蟲害后，采取毒餌誘殺方式，效果較好。對菇蚊蠅類，可在出菇間歇期噴灑滅害靈類即可殺滅；也可配制糖醋液誘殺，按高度白酒：糖：醋：水為1：2：3：4的比例配好后，加生產方式3～4滴ddv液，盛于容器，成蟲趨味飛入，即可殺死。
