進入夏季以后，棚內溫度升高，多數食用菌生產也進入尾聲。歇茬期內，如何做好棚室消毒就成為當前菇農的首要工作。專家提醒廣大菇農朋友，菇棚消毒要做好以下三點：
徹底清棚
將棚內食用菌生產廢料全部清除出棚，地面打掃干凈。沒有清理出棚的食用菌廢料，不僅容易滋生雜菌，導致棚內病原菌孢子量增大，不利于消毒，而且菇蠅等食用菌害蟲也大量繁殖，為以后食用菌生產埋下隱患。所以，食用菌生產后的廢料一定要徹底清理出棚，且不能堆積在距離菇棚較近的地方，以防廢料中的病菌、害蟲繼續進入棚內。
藥劑消毒
菇農可選擇硫磺、甲醛-高錳酸鉀、二氯異氰尿酸鈉等熏蒸殺菌。這三者之中，硫磺燃燒后產生的二氧化硫能夠起到殺菌、殺蟲的雙重效果，但使用時產生的二氧化硫容易與空氣中的水蒸氣接觸，形成亞硫酸，腐蝕菇棚內的鋼絲等。使用甲醛-高錳酸鉀消毒時，則要注意先倒粉劑后倒水劑，即先將高錳酸鉀倒入容器中，然后再將甲醛倒在高錳酸鉀上，以免甲醛與高錳酸鉀反應劇烈，藥液濺在身上。二氯異氰尿酸鈉使用方法最為簡單，只要按照每立方米空間3克的用量，按照每畝15-25個點將藥劑設置在棚內，點燃即可。
有條件的菇農可先將菇棚上部的棚膜撤掉，利用紫外線殺菌，同時通過雨水淋洗，在自然條件下讓土壤中的有益微生物大量繁殖，抑制菇棚病菌的發生，在新料進棚之前再用藥劑消毒?，F在還有些菇農使用臭氧消毒機殺菌消毒，這里需提醒菇農的是，因為臭氧消毒機功率不同，殺菌范圍也不同，對于面積較大的菇棚，菇農應先用棚膜隔開，分段消毒，以保證消毒效果。
通風排氣
當菇棚殺菌消毒完成后，菇農要注意及時通風換氣，將棚室內的有毒氣體排出棚外，以便于以后食用菌的種植。
