一、產生雜菌感染
1、原因：①培養料滅菌不徹底。表現為整個培養袋上都長出均勻的雜菌菌落，或培養袋被刺破而使雜菌侵入形成圓形擴散的菌落;②接種過程不規范。表現為長出的雜菌通常只在袋口周圍，且菌絲稀疏;③菌種本身帶菌。表現為菌種所到之處均有雜菌;④場地條件差或利用消毒不徹底的老菇房。表現為培養袋上出現無規則雜菌菌落。
2、對策：①選用新鮮無霉變的培養料。對質地堅硬、顆粒粗細不均的原材料進行過篩處理。②及時裝袋，徹底滅菌。拌好料后，盡快裝好袋并及時徹底滅菌(料溫升至100℃后維持10-12小時以上)。③選用優質菌種。到信譽度高、經濟實力強、技術力量雄厚的單位購買高產優質菌種。接種時仔細檢查，確保菌種無感染。④要對接種室及接種用具嚴格消毒，接種時保證接種場所、工具和接種人員的清潔衛生，嚴格遵守操作程序。
二、接種后菌絲不吃料、不發菌
1、原因：①培養料含水量過高或過低或被雜菌感染。含水分過高，則菌絲前端與培養料有明顯的分隔線，培養料顏色較深;水分過低則生長菌絲與培養料的界限不明顯，培養料顏色較淺，菌絲生長前端不均勻，擴散也不整齊而且較為稀少。②酸堿度不適合。③用種量太少。
2、對策：配制培養料時嚴格按照各種食用菌生長要求的條件調節好培養料的含水量和PH值，使用適量菌種。
三、發菌后期菌絲吃料慢，遲遲不滿袋
1、原因：①裝料過緊或菌袋兩端扎口過緊，袋料中間氧氣不足;②環境溫度不適合。
2、對策：注意裝袋和扎口松緊適合。根據天氣變化隨時調節發菌室的溫度以適合菌絲生長。
四、菌絲發滿后卻不出菇
1、原因：①環境溫度不適合。②培養料中的碳氮比例不適合。③光線不足。一般菌類發菌階段在無光線甚至完全黑暗條件下都能正常生長，但在出菇階段必須要有一定的散射光刺激才能正常出菇。④菌株溫型與當時的環境溫度不符。
2、對策：選用適合季節的菌株和最佳培養料配方，調節好菇房的溫度和光照。
