7.有機雙孢菇發菌培養：培養室(棚)提前清理衛生，地面灌水，地毯式噴灑百病傻溶液，密閉2天后，地面撒施石灰粉，即可將接種后的菌種移入。發菌期間，盡量控制培養室溫度在25℃左右，不超過28℃，安裝水溫空調的最低可降至22℃左右，一般農戶不具備條件，可采用土法降溫：發菌棚內地面上用磚碼起20厘米高，鋪上新塑料膜，將菌種瓶立式排入，灌入地下水，每天換水1-2次，即可使菌瓶內保持25℃以下。每3天左右噴灑一次藥物以作預防，可采用百病傻與賽百09交替施用;發現有菇蚊類成蟲時，隨即噴施高效氯氰菊酯予以殺滅。
8.有機雙孢菇剔雜處理：接種后第三天，即開始檢查剔雜，發現任何非雙孢菇菌絲的菌瓶，隨即移出室外，有鏈孢霉菌污染的，應用方便袋從上往下套住菌瓶，慢慢移出。對一般雜菌的污染，可噴施藥物后將料倒出，曬干后再次利用;對鏈孢霉菌污染，應遠離培養室倒料，并予焚燒或深埋，空瓶用70℃以上熱水燙殺，洗凈后再用。
9.有機雙孢菇暫時保存：約經35-45天，菌種完成發菌，暫時不用的菌種，應予低溫存放，一般保持2℃-4℃條件即可。
10.有機雙孢菇質量檢驗：雙孢菇的菌絲濃白、清晰，生長有力，呈扇形生長，絨毛狀菌絲多、整齊，氣生菌絲潔白;現在采用最多的“2796”屬半氣生型品種，其菌絲旺盛、一致;沒有黃白色厚菌被;菌絲濃白粗壯，遇高溫時微黃、可出現少量束狀菌絲，上下均勻一致。
瓶內菌絲生長不健壯、呈散亂狀態，或有“退菌”、斷菌”現象，料轉色、結塊或干縮，出現白色、淺黃色圓形塊狀物或不規則暗斑，有雜菌和螨類滋生，無蘑菇香味，具漂白粉或腥臭味等，均為不合格菌種。若菌絲呈淡黃白色，且菌絲萎縮，生長無力，或生長中就有菌被形成，則為培養基較濕或較老的菌種;菌種瓶內上部菌絲收縮變干，下部菌絲生長尚好，為培養基過干，培養溫度過高;如果生長不均勻，表明麥粒浸泡和預煮時間不夠;若生長中菌絲漸變黃，表明培養溫度過高;若菌種瓶內上方出現很厚的菌被，是生產性能差或生理性狀老化的菌種，不宜使用。一直在高溫條件下培養的菌種，播種后不易吃料，發菌慢。
