進入秋季，有機食用菌生產中的蟲害仍是一大威脅，尤其進入深秋季節，溫差的拉大，使得原在菇棚外的害蟲紛紛進棚為害，更加劇了防治的難度。
預防措施：1.修建菇棚應離開村莊、廄廁、垃圾場、糞堆等地，使出菇環境遠離蟲源。2.原輔材料經強日光暴曬，避免攜帶蟲卵或活蟲。3.原料中有活蟲或蟲卵，不要直接進行生料播種，起碼要發酵處理后再用，最好采取熟料栽培或用于制種。4.嚴格檢查菌種是否帶蟲，對購進的菌種在轉接前應仔細檢查，防止出現帶蟲接種現象。5.菇棚通風口及進出口等封裝防蟲網，防治成蟲飛入。6.在通風口及進出口撒布石灰隔離帶，以防爬蟲類害蟲進入。
發菌期間，不慎發生蟲害，可將地面灑水，菌袋集中（注意溫度，以防燒菌）排放后上覆塑料膜，膜下投放磷化鋁藥物，用量同上，但要注意投放均勻、密閉塑料膜，6小時左右去除膜后，即可正常管理。
出菇期間發現害蟲，如果是預防不嚴進入的“漏網之蟲”，對成蟲可適量噴灑菊酯類藥物，菇蚊類成蟲極不耐藥，按蔬菜用量的最低濃度即可；如已發現幼蟲，則可根據上述使用磷化鋁進行殺滅，但應將子實體采掉，對于幼蕾，可帶蕾用藥，一般初發蟲害，4~6小時即可全部殺滅。
