雙孢菇經過發菌期后要進行覆土。覆土能保持和調節培養料內的水分，改變培養料中的二氧化碳濃度，促進菌絲體生長發育成子實體，并對子實體起支撐作用。覆土的要求是不過沙，不過粘，PH值6.8-7，噴水后不板結，能保溫，氣孔多，透氣性好。覆土分粗土和細土，粗土一般為蠶豆大小的顆粒，細土一般為黃豆大小的土粒。取土時應取表層土30厘米以下的土壤，表土因含蟲卵、草籽、雜菌較多，不宜使用。取土后過篩，分成粗土和細土，曝曬一天，加入2%石灰或噴5%甲醛（4-5天）。一般每平方米用土粒約35千克。土粒一般隨制隨消毒隨用。
覆粗土后2-3天內，菌床上每天噴水1-1.5千克/平方米。加強通風，使粗土先濕后干，菌絲能很快長入土中。覆細土2-3天后，開始調水，每天一次，0.5千克/平方米，以后逐漸增加用水量，減少通風，使菌絲長到粗細土之間。10-11天后，細土間有大量絨毛狀菌絲，并有米粒大小原基出現，這時，噴水量做到1千克/平方米，連噴2-3天，應使粗土松軟，細土能捏扁，并加大通風，以減少細土濕度，這樣能防止菌絲徒長。停水1-2天，減少通風使細土濕度略高于粗土，有利于絨毛狀菌絲生長，形成新的原基，原基長到豆粒大小時，噴水量為1千克/平方米，每天2次，促進幼蕾生長。這時要解決好通風問題。通風時間最好在晚上，微風或無風時，將窗全部打開，有風時開背風窗。
一般情況下，覆土后15-18天開始出菇。這一時期要特別注意水分和溫度的調節。
1、水分調節：出菇高峰在11月，秋菇一般可收5批，占總產量的80%，當菇蕾長到黃豆大小時，要噴一次重水，一般為1千克/平方米，以后每天1-2次，每次0.5千克/平方米，直到菇峰高潮，再減少用量，以利養菌，直到新菇蕾出現，再噴水。秋菇出菇期間，氣溫下降，通風時，要注意菇房保溫，溫度應穩定在8-16℃。
2、溫度調節：出菇期，最適溫度為14-16℃，超過25℃子實體難以形成。如果播種季節適宜，一般秋菇出菇期間，自然溫度能適合出菇溫度。如果溫度稍高，應結合噴水通風進行降溫。溫度稍低，應減少通風以保溫，由于春菇出菇期間氣溫變化較大，應視氣溫情況，采取適當的保溫或降溫措施。
