食用菌是伴隨我國改革開放快速形成的一項新興產業，由于其營養、美味、保健三大特點所帶來的巨大市場需求，刺激了產業規?？焖贁U張。
據中國食用菌協會統計，2012年產量2800萬噸，產值1700億元，從業人員2000萬以上，年消化秸稈皮殼4000萬噸。但由于系統科學研究的缺位，不但導致了產業效益持續下降，平均投入產出比已由上世紀80年代的1:3—5降至目前1:1.2—1.8，而且自主知識產權品種的嚴重缺乏，也使我國很多企業從品種、菌種到添加劑、培養基、環控設備都要從國外進口，目前日產20噸以上的食用菌生產企業幾乎無一例外要以產值3%的價格購買國外品種使用權。
據項目首席科學家張金霞說，針對我國食用菌產業面臨的單產低、品質差、產業效益不斷下降的嚴峻挑戰，今年啟動的食用菌產量和品質形成的分子機理及調控項目，依托中國農科院農業資源與農業區劃研究所，并與中國科學院微生物研究所、中國科學院昆明植物研究所、中國醫學科學院藥用植物研究所、吉林農業大學、北京林業大學、華中科技大學和福建農林大學共同協作，緊緊圍繞子實體形成的營養利用與遺傳調控、抗逆性的溫度響應和活性物質的合成代謝調控三個科學問題，以大宗栽培的木腐菌平菇、金針菇和草腐菌草菇、雙孢蘑菇為材料，在已有基因組測序的基礎上，綜合應用功能基因組學、蛋白組學、生物信息學、現代酶學、現代化學等研究手段，擬用5年時間，揭示食用菌產量和質量形成的分子機理，建立科學研究的理論和方法體系以及遺傳改良基礎平臺，提高食用菌產業的原始創新和關鍵技術創新能力，為食用菌高產優質高效生產技術創新提供科學理論支撐，推動我國食用菌產業實現從經驗到科學、從實踐到理論的新跨越。
