從海關方面獲悉，食用菌出口當前還面臨著五大壁壘的阻礙：
物種壁壘。日本于今年4月實施《種苗修正案》，對22類145種食用菌實施保護，加收專利費。
綠色壁壘。發達國家通過立法等形式，制訂苛刻的技術標準，對農藥殘留、放射性殘留、金屬含量、化學添加劑等均有嚴格要求。據企業反映，最近新加坡對我干香菇檢測重金屬項目多達6個（砷、鉛、汞、銅、鎘、硒），對砷、汞的檢測分別高出國際1倍和4倍。
認證壁壘。美國現有認證體系多達55種，輸歐食用菌未經認證就不能進歐盟市場，大部分菌農和食用菌生產企業對這些體系了解不多。
標準壁壘。世界各國技術標準十分復雜，且名目繁多，如歐洲技術標準有10萬多個，其中有些標準是專門針對某國或某類產品而專門設計制定的。
包裝壁壘歐盟、美國、日本對食用菌包裝材料及包裝標簽要求十分嚴格，如包裝物要節約能源、無廢棄物產生、絕對不污染環境等，標簽要求有圖形、圖案標明和文字說明。
