與傳統農業種植食用菌相比，工廠化食用菌生產具有解決食品安全問題、節約土地資源和勞動力資源等優勢，真正體現循環經濟概念。
工廠化模式所需的土地面積不到傳統模式的1%，勞動力只占傳統模式用量的2%，工廠化生產的效率比傳統模式高出約40倍，單層設計的廠房每畝產值超過100萬元，多層設計的廠房每畝產值達到400萬～500萬元，使土地產出率提高了近百倍。食用菌工廠化生產的栽培原料主要是棉籽殼、玉米芯(玉米秸稈)、甘蔗渣、木糠、米糠、麥皮等多種農作物下腳料，食用菌采收后，培養基又可作為綠色有機肥還田，能實現資源的有效循環利用。
“食用菌工廠化生產行業是一個細節決定成敗的行業。” 上海蔬菜行業協會會長單位也是工廠化食用菌國內龍頭企業的上海高榕食品有限公司相關負責人介紹說，菌種培育、生產工藝、環境控制、污染防治等過程，都需要較高的技術和豐富的經驗，存在較高的技術壁壘。例如，每種食用菌都對生長環境有特定要求，溫度、光照、濕度、氧氣、二氧化碳含量等環境因子對食用菌的生長尤為重要，在不同地域、不同季節需要采取不同的環境控制技術，選擇合適的菌種，并進行科學栽培，才能生產出高產、優質的食用菌。
據了解，目前，工廠化食用菌龍頭企業在生物學轉化率上已可達130%左右，雜菌污染率可控制在0.01%水平，單產達到380克左右。
