一、利用害蟲的習性進行防治
1、噴絲性。菌蚊的幼蟲有吐絲的習性，又群居拉網，一般用絲將菇蕾罩住，很容易發現；另外其蛹有白繭，也容易被看到，對這些害蟲可進行人工銷毀。
2、怕燥性。癭蚊有幼體繁殖的習性（即一頭幼蟲可從體內繁殖20多頭小幼蟲），但癭蚊蟲體小、怕干燥?？蓪l生蟲害的菌袋放在陽光下曝曬1～2小時，或撒石灰，則蟲多干燥而死，可降低蟲口密度。
3、喜水性。跳蟲有喜水的習性，對于發生跳蟲的菇塊可以用水誘集后消滅。
4、變色性。有些鱗翅目（如谷蛾和夜蛾類）的幼蟲老熟后身體很大，顏色也較艷麗，在采菇和管理中很容易被發現，可隨時消滅。
5、趨化性。一些害蟲（如蠅科和螨科）對糖醋液有強烈的趨性，可在菇房中設誘殺盆，用白酒0.5份、水2份、紅糖3份、醋3.5份，再加入少量敵百蟲或敵敵畏誘殺；螨對炒熟的種子香味也有強烈趨性，可用炒香的茶籽餅或棉籽餅撤在紗布上，當螨聚集于紗布上后，把紗布在濃石灰水里浸沾，螨便被殺死，連續幾次，殺螨效果可達90%以上。另外，用57辛硫磷0.25千克，麥麩1.5～2.5千克，加適量水，傍晚撒于菇房周圍，可誘殺蟋蟀、螻蛄等。
二、利用物理方法殺滅害蟲
1、黑光燈或粘蟲板誘殺。利用蚊蛾的趨光性可以用黑光燈或節能燈誘殺，方法是在菇房燈光下放誘盆，內加0.1%的敵敵畏，害蟲落人盆中即被殺死。也可以在強光處掛粘蟲板，粘蟲板上涂40%聚丙烯粘膠，有效期可達2個月。
2、水浸法防治害蟲。即使蟲體浸于水中造成缺氧和促使原生質與細胞膜分離致死。但必須注意栽培塊（袋）無污染、無雜菌，菌塊經2～3小時浸泡不會散，否則水浸后菌塊就會散掉，雖然滅了蟲，但生產效益也會受到損失。方法是：瓶或袋栽培的可將水注入瓶或袋內，塊栽的可將栽培塊浸入水中壓以重物，避免浮起，浸泡2～3小時，幼蟲便會死亡漂浮，浸泡后的瓶、袋瀝干水即放回原處。
3、其它方法。在菇房門口，窗和通氣口要安裝60目紗網，阻止成蟲入內，在地道菇房的進出口保持幾十米黑暗，注意隨時關燈，防止成蟲趨光而入。
三、農藥防治害蟲
1、用除蟲菊1千克，加水200～300升噴霧，還有博落回、貓兒眼、青藤根、雷公藤、毛茛、石蒜等均能殺死為害椴木栽培黑木耳的黑光甲。
2、用半夏、大蒜、桃樹葉和柏樹葉搗爛，以1∶1加入水，漬浸后取濾液噴施可殺死蚤蠅科害蟲。
3、用0.1%魚藤精或1∶150～200的除蟲菊噴灑，可殺死蘑菇跳蟲。另外，在菇房上撒一層除蟲菊或煙草粉末，也能防治跳蟲。
四、改進栽培措施
1、搞好環境衛生，清除菇房內外垃圾，有條件的可撒些石灰保持菇房周圍干燥，特別是上一年的廢料，一定要在種菇前2個月燒毀或深埋。
2、菌種培養室應定期檢查和熏蒸，制作菌種時，用棉塞塞緊。外面包一層牛皮紙，以防害蟲侵入；如菌種已發現害蟲，必須經過熏蒸或低溫冷凍等方法處理后，方可使用。
3、收菇后要認真清潔料面，除掉菇根及爛菇并集中深埋。 4、對發病嚴重的老栽培室要進行熏蒸消毒（包括種菇用過的架子、工具等）。方法是用80毫升福爾馬林倒入40克高錳酸鉀進行熏蒸，裝高錳酸鉀的容器要深，容積要比福爾馬林大10倍以上；熏蒸時要密閉栽培室，2天后打開門窗通風換氣24小時再裝袋送入。也可用硫黃熏，用量為每立方米5克，密閉48小時后，再過2天進料。
5、收完3～4茬菇后，及時清除料塊，并遠離菇房高溫堆肥發酵或噴藥，避免害蟲在廢料中繁殖。
6、嚴禁新老培養塊同放一菇房，以免害蟲傳播到新菇塊中。
7、除培養料要經過蒸煮及2次發酵外，覆土材料也要經過高溫或藥劑處理，將害蟲殺死。
8、食用菌栽培管理上要適當澆水，特別是要避免向菇體直接噴水。澆水過多，會造成菌絲和菇蕾腐爛，易滋生繁殖害蟲。
另外，還要有計劃地促進食用菌的健壯生長，控制害蟲的大量發生與傳播。
