在大棚栽培香菇過程中，菌種制作是一個重要環節，菌種的質量直接關系到香菇產量及質量。
1.制作菌種原種培養基
原種培養基的配方一般為鋸木屑80%、石膏粉1%、麩皮18%、蔗糖1%。原種培養基的配方也可以進行一定的調整，其中鋸木屑與麩皮的比例不固定，還可添加其他物質，如棉籽殼等，但是石膏粉與蔗糖的比例固定均為1%。在菌種原種培養基制作過程中需要注意：
鋸木屑要以闊葉樹為主，木屑干燥、無雜質、無腐爛，否則易出現雜菌，影響香菇菌種的出菌量；麩皮要求無蟲、新鮮，蔗糖要求先溶于水后再倒入培養基進行均勻攪拌。
2.菌種培養基
菌種培養基配方為馬鈴薯、葡萄糖、水和瓊脂，培養基pH值為5.5～6.0，偏酸，這種培養基也適合多種食用菌的培養。
3.原種及栽培種的培育
原種是用來繁殖栽培種用的菌種。栽培種是由菌種栽培而出的菌種，也被稱為二級菌。母菌種可以接5瓶原種，每瓶原種可以接35瓶袋栽培種，在進行菌種培育過程中，需遵循無菌操作并做好滅菌工作，保證菌種質量，以免出現雜菌。
