銀耳與別的食用菌相比，顯得特別嬌氣，在管理上稍有失誤，病蟲害就會趁虛而入，危害生產，甚至整批失敗，因此，在銀耳生產中必須特別重視對病蟲害的防治。銀耳的主要病蟲害及其防治技術如下：
一、病原微生物為害
1．鏈孢霉：又叫紅飽霉，適宜生長溫度25～30℃，常發生在接種后菌袋的培養基或接種口上，有的也發生在菌袋的兩端。前期菌絲白色，逐步轉為淺紅色，繼而產生大量桔紅色粉狀孢子。夏天氣溫高，蔓延極快。鏈孢霉主要是抑制銀耳菌絲的生長，破壞培養基營養成分，受其侵染的菌袋，出耳率降低，耳片正常伸展受影響，朵形小，產量低。
2．綠色木霉：簡稱綠霉，適宜在溫度15～30℃和偏酸性的環境中生長，常發生在培養基內和子實體階段。前期菌絲呈白色，逐步變成淺綠色、深綠色，受其污染的培養基變成黑色，發臭松軟，直至報廢。子實體被綠霉污染后，會逐步腐爛，失去商品價值。
3．白腐菌：適宜生長溫度15～25℃，這種病原菌常在銀耳菌絲生理成熟時，從接種口侵入，形成腫瘤狀凸出物。前期菌絲白色粉狀，后期呈灰白色，受其危害，培養基變黑。每年春秋發生率較高，主要腐蝕銀耳原基，造成原基腐敗，不能出耳。也有的侵染耳片，附著產生一層白色粉狀孢子，抑制耳片生長，使其變成不透明的僵耳。
