在接種環節，污染食用菌菌種的雜菌很多，包括細菌、霉菌、酵母菌、放線菌等。菌種遭受微生物污染的原因主要有以下幾方面——
1.菌種培養室陰暗潮濕、空氣污濁，空氣中含很多雜菌，污染了食用菌菌種。
2.接種室消毒不嚴。未采用合適的方法，對接種室進行有效的殺菌消毒。
3.培養料滅菌不徹底，被雜菌污染。滅菌不徹底的原因主要有：1）滅菌操作不當。采用常壓100℃、6-8小時或高壓121℃、0.5-2小時的滅菌方法，均能殺死一般雜菌的菌絲體與孢子。目前，食用菌培養料多采用常壓滅菌或高壓滅菌方法。常壓滅菌對谷粒、糞草等材料的滅菌難度較大，不容易達到完全滅菌的效果；而高壓滅菌法的效果更好。2）培養料的不同。制作菌種所需材料的種類、培養料的含菌量、含水量以及酸堿度等因素都會影響滅菌效果。應根據不同培養料的特性，選擇相應的滅菌時間。3）菌種包裝容器的影響。制種時，一般用瓶或袋包裝菌種。塑料袋傳熱速度快，而玻璃瓶傳熱速度則慢些。在相同培養料、使用相同的滅菌方法時，瓶裝料要比袋裝料滅菌時間更長。
4.菌種中含有雜菌。用于擴大培養的食用菌菌種的原種本身必須是純菌，這樣才能保證菌種的單一性。如果食用菌菌種中含有雜菌，則會導致接種率下降。
5.接種人員操作不當。食用菌接種過程需要嚴格的無菌操作環境，如操作不規范，則易導致培養料被雜菌污染。污染培養料的雜菌一般是接種室空氣中的雜菌、菌袋表面的雜菌以及接種人員的體表雜菌等。
