防治結合治病蟲害
冬季食用菌蟲害的種類有螨蟲、菇蚊、菇蠅等，對食用菌蟲害的防治應以農業防治為主，以免造成污染。
水浸法：瓶栽培的和袋栽培的可將水注入瓶、袋內，塊栽培可將栽培塊浸入水中壓以重物，浸泡2-3小時。
誘殺法：對于害螨，可在菇床上鋪上紗布，將剛炒好的菜籽餅撒一層在紗布上，螨就聚集于紗布上，將紗布在濃石灰水中浸泡殺死螨;對蚊蛾用黑光燈或節能燈誘殺。
藥劑法：在沒有子實體生長的情況下，可以噴灑菇凈1000倍液防治食用菌害蟲。菌種或者菌袋中有活蟲或蟲卵時，可將菌種和菌袋浸泡在2000倍液菇凈藥液內，浸泡一天。
冬季食用菌生產低溫高濕，易發生病害，主要有褐腐病、褐斑病以及軟腐病等造成死菇、爛菇，防治的總原則是“預防為主，防治并重”：
清理“病源”
無論生產中的廢料、污染料，污染的菌袋，或者發生病害后清理出棚的菇腳、死菇、料表廢料等，均應進行徹底處理，集中生產區最好能統一指定銷毀地點進行處理。
提前預防
對菇棚進行徹底消毒殺菌處理，一般采取菌袋發菌至出菇期間每5天左右對棚內墻體、地面噴施一遍5000倍液的必潔仕牌二氧化氯消毒劑，防治效果非常理想;也可以使用300-500倍的百病傻溶液與200-300倍賽百09交替噴施，也有一定的防病效果。注意：出菇期間的用藥，一定不要觸及子實體，一旦正常菇體沾附該藥物，則生長停止，并使子實體攜帶藥物，形成藥物殘留，不符合食品安全規定的要求。
以平菇為例：
發現侵染性病害后，可停止菇棚用水，將死菇、死蕾等摘除，并將料表刮掉0.2厘米左右，露出新料，將所有廢棄物清理干凈，使用5000倍液的必潔仕牌二氧化氯消毒劑噴灑或者浸泡菌袋，或者兌配200-300倍的百病傻溶液對料面及病區進行噴灑，嚴重者可對料面進行藥液涂刷，并隔天再噴灑一次。
注意：藥物濃度要適當，不可隨意提高;在用藥以后，應加強遮光、通風等管理，使蘑菇菌絲有一個休養生息的時間及條件。待被破壞的料面重現菌絲并呈現倒伏或匍匐狀生長時，預示著再次現蕾出菇，此時即可再度進入出菇管理階段，重復出菇管理即可。
