菌絲體生長期管理的任務是創造一個適合香菇菌絲生長的環境，在預定時間內讓菌絲長滿袋，并順利轉色。培養室一定要保持清潔、衛生、干燥，并經常進行消毒。
(1)菌袋堆放 堆放方式以氣溫和發菌情況而定。春季接種，因早期氣溫比發菌適溫低，為提高堆溫，菌袋可呈J頃碼式排放，堆高1～1.5米，排與排之間要留人行通道，也利于空氣流通。當氣溫高時，可改為“井”字堆或“△”形堆，每堆 4～6層。
(2)培養室內條件控制
?、贉囟?。溫度是菌絲生長的關鍵因子。在24～26℃的適溫下，香菇菌絲生長快，健壯。要特別注意檢查菌溫，使袋內菌溫不超過28℃。調節溫度可采取調整堆的高低、疏密、堆的方式和通風等方法，要經常檢查，靈活掌握，特別是5月份以后，要嚴防因袋內升溫而引起的“燒堆”。
?、谑覂纫３指稍?。培養室內空氣相對濕度要控制在 70％以下，空氣濕度大易引起雜菌滋生，污染菌袋。如遇連陰雨天，空氣濕度增大時，要用生石灰除濕，并適當疏散養菌。
?、弁L。培養室要保持空氣新鮮。足夠的氧氣利于菌絲生長。為此，要經常打開門窗通風換氣，通風要和保溫相結合。
?、芄饩€。香菇菌絲生長期間，不需要光線，要盡量用窗簾遮擋門窗。特別注意不能讓直射陽光照射菌袋。
(3)及時翻堆、查雜與刺孔增氧
?、俜?。一般接種后7天內不宜翻動，因這段正是香菇菌絲萌發、定殖期。接種一周后，接種穴四周看到白色菌絲圈后進行第一次翻堆。同時檢查菌種定殖和是否有污染，并及時處理。
翻堆是整個菌絲生長期很重要的一項管理措施。第一次翻堆后，要每隔7～10天進行一次。
當接種穴菌絲已連接時，由于袋內菌絲繁殖升溫，要把堆的形式改變為“井”字形或“△”形，每層4或3個袋，疊放 6～8層，堆間的距離要適當放寬，以利通風和散熱降溫。
?、诤侠泶炭自鲅?。菌絲在袋內培養料中生長，要消耗氧氣。當前端菌絲開始變淡或菌袋內出現瘤狀物時，表明袋內已經缺氧，要及時刺孔。刺孔在整個發菌期需要進行3～4次。第一次是接種15天左右，當菌絲圈直徑長到8～10厘米時，每個接種孔刺4～6個小孔，刺孔部位在離菌絲圈內2厘米處，向內斜刺，孔深1厘米左右。第二次是待菌絲圈完全相連后進行，每個接種孔刺8～10個孔。第三次當全袋菌絲均發白時刺，在菌絲發透的部位均勻刺20～40個孔，孔深1.5厘米”，這是菌袋越夏前最后1次刺孔，非常關鍵。海拔300米以下地區6月20日前結束，300～600米的地區6月30日前結束，否則應放棄第三次刺孔，以免造成爛袋。第四次在上架前一周 (即當地20℃終日氣溫)左右，結合天氣情況全面刺孔一次，約刺80～100個孔，孔深1.5厘米。
刺孔應注意幾點：
一，刺孔后2～3天，因菌絲呼吸作用加強，釋放出大量熱能，袋內溫度高出室溫2～3℃。因此，當室溫達28℃時應停止刺孔，防止燒菌。
二，含水量高的菌袋可多刺，含水量低的要少刺。
三，塑料袋拱起部位、瘤狀物突起部位、污染部位、菌絲來發到部位、有黃水部位、菌絲剛相連部位均不刺孔。
四，刺孔要分批進行，每次刺400～500袋，每間隔3～4天刺1次孔。第二次刺孔后，刺孔部位應側放。
五，刺孔后注意通風降溫，降低菌袋堆疊層次，擺稀菌袋。
