種菇結束后被清理出來的培養料即是下腳料，因為培養料經過平菇菌絲有關酶的分解和轉化后，其營養結構發生了較大的變化，加上平菇菌絲的殘留，使其中的粗纖維和木質素含量分別下降了50%和30%以上，粗蛋白卻增加了1倍以上，因此除了霉爛變質的下腳料用做肥料外，一般的下腳料應進行綜合利用，提高其經濟價值。用做肥料：下腳料結構疏松，有機質含量高，當肥料施用是最常用的方法，它可以改善土壤團粒結構和提高地力。用做飼料：下腳料干燥粉碎后可制成菌糠，也可直接打漿拌入基礎飼料（餅、酒糟、麩皮、青飼料等）中喂養畜禽。使用量：喂雞時占基礎飼料的5%~20%，喂豬時占基礎飼料的20%~40%，喂牛時占基礎飼料的30%~50%。用于食用菌再生產：生產上進行發酵和無菌處理，再用于草菇、平菇等食用菌栽培，在配方中補充一定量的輔料和新培養料。用做再生能源：以下腳料加豬糞 （重量比為1∶1.4）為發酵配料生產沼氣，不僅能縮短沼氣的發酵周期，而且能提高沼氣的產量。
