其實棉籽殼是栽培平菇的最佳培養料，但要進行生料栽培，必須注意以下幾個問題： 要掌握適宜的溫度播種。平菇大多是低溫型食用菌，要掌握適溫播種，一般在平均氣溫20℃左右播種，料溫在25℃以下發菌，菌絲生長健壯，雜菌的污染率低，栽培的成功率高。 要選用優質菌種及加大播種量。為了提高制種的成品率，一定要選用適合優質菌種，一般宜選用滿瓶（袋）后，菌齡在30天左右，菌絲濃密，健壯的菌種。加大菌種播種量也是提高成品率的有效措施，一般不得少于15%，方法上可采用消過毒的木棒，在袋內的培養料上，自上至下戳洞，深入培養料的2-3以上，將菌種播入穴內，沿著洞穴漏下去，然后，在料面撒上一層菌種，厚約1cm，也可采取分層播種，使菌絲及早封面，及早占領培養料，防止污染，提高菌種的成品率。
要掌握適宜的料水比，確保菌絲發育健壯、快捷。在生產實踐中，棉籽殼與水的比例，一般掌握在1：1.3，即100斤干的棉籽殼加入130斤左右的水最為適宜。如果水分過多，料內含水量偏高，會影響菌絲的呼吸，而導致生長減緩，甚至造成污染。 要注意菌種培育室的通風換氣，降低室溫，培育平菇的健壯菌絲。生料袋栽培平菇，如果室溫過高，通風不良，易發生雜菌污染，主要是木屑（綠霉菌）、酵母菌及厭氣性細菌大量繁殖。所以，在發菌階段，應堅持每天適量通風換氣。特別是夜間進行，更能降低室溫，有利于健壯發菌。并注意在菌袋的排放上，袋與袋之間要有一定的間距，不要重疊及擠在一起，防止產生較高的料溫而影響菌絲生長。
此外，還有注意選用新鮮、干燥、無結塊、無霉變，并經日光暴曬2－3天的棉籽殼，并不必添加其他營養物質（如麩皮、玉米粉等），不僅污染率低，而且產量也高。如添加了麩皮等含氮量的有機物質，反而易污染，滋生綠霉、鏈孢霉等雜菌。為了調整酸堿度，在培養料中可加入2%左右的生石灰，使培養料呈弱堿性，有利于抑止雜菌的生長。
