基本程序為：鮮菇采收→低溫整理→降溫包裝→裝箱運輸→進入超市。
鮮菇一經采收，須整齊排放在小型矮裝容器內，并盡快送往低溫車間進行整理。容器體積為長×寬×高= (40×28×16)厘米，其形狀如周轉箱，底部實板，四周預設直徑約2--3厘米左右圓孔，底下四角均有內縮插接角塊，以便于碼高多層。鮮菇采收時順頭排放，不使頭尾相接，以免造成污染；低溫車間內溫度為1--3℃，可將普通恒溫冷庫改造后利用，連同其他包裝容器均存放于車間內，以使徹底降溫。鮮菇成箱搬入車間后分開擺放，不得再碼高多層，以便于菇體充分降溫，該環節對于氣溫高于15℃時采收的鮮菇尤為重要。
整理的工具為：薄片不銹鋼刀或竹片刀，以及小包裝封口、打箱等設備。
先用小刀將鮮菇基部削凈，去掉一切泥土，基料等雜物，鱗片多時應一并除去，一般不用水洗，否則縮短產品貨架壽命。隨即將干凈的鮮菇進行分級后，排放于鋪有泡沫軟襯的容器內，待充分降溫后包裝。
降溫包裝：待菇體內部降溫至3 ℃以下時，即可分裝。一般可用泡沫質地的飯盒樣式，制作為高約5厘米左右單盒，每盒約裝鮮菇150克左右，有的大城市已禁銷塑料包裝，可定制紙質盒。也可根據鮮菇品種確定包裝盒的規格，如雞腿菇一般適宜( 長×寬×高，下同)16厘米×10厘米×4厘米規格的包裝，姬松茸則適宜15×10× 6規格，真姬菇、楊樹菇等則適宜16×8×4規格。并根據鮮菇形態及規格大小確定排放方式。然后封包保鮮膜。將小包裝盒再裝入泡沫保鮮箱內，每箱可裝36盒，透明膠帶封口即成。
裝箱運輸：根據運輸距離及運輸工具等，即可直接運輸保鮮箱，亦可裝入集裝箱發運。由于保鮮箱保溫效果極好，箱內盒式包裝又經低溫處理。故在5-12小時內不會因升溫而使鮮菇降質：其中雞腿菇及草菇等保鮮難度最大，但在5 小時內亦不會出現降質量問題。
進入超市：進入超市后，應將小包裝放入低溫展示柜中進行銷售。一般售架壽命可達2-10天。
另外，短期貯存和運輸時還可使用冰快降溫保鮮或冷藏車運輸等方法，一般菇類控制冷藏溫度1--3℃，經長途運輸后，菇體保持原有色澤及形態不變，效果較好。
