菌種質量優劣直接關系到栽培效益的高低與成敗，因此掌握菌種質量標準，學會鑒別菌種質量對廣大栽培戶來說十分重要。
一、蘑菇。菌絲灰白、微帶藍色、細絨狀、貼生菌絲上下分布均勻，無扇形變異，沒有黃白色菌皮，具有特有的菇香。培養料中菌絲呈細淺狀或束狀，菌絲呈淡黃色，萎縮或看不到菌絲，內容物呈糊狀為水分過多或菌種老化；基質上部菌絲干縮、下部菌絲生長尚好，為培養基過干、培養溫度過高所致，瓶上部菌被過厚是老化或生產性能差的菌種；瓶內出現白色、淺黃色結塊或有綠色、黃色、黑色或桔紅色等各種霉菌菌落和害蟲者，均予以淘汰。
二、香菇。菌絲潔白呈棉毛狀，生長均勻具特有香味，無厚菌被，易形成原基，抗病蟲害者為優良菌種。瓶內菌絲稀疏，可見木屑顆粒，為培養時間不足或基質氮源少，瓶內菌絲脫落、萎縮，蓖被變褐為菌種過老應盡快使用。
三、平菇。菌絲濃密、潔白、粗壯呈棉毛狀，有爬壁現象。如菌絲稀疏或呈束狀，為培養基過濕；菌絲生長緩慢或不向下生長，為培養基過干；瓶袋內出現大量原基，為菌齡過老；菌絲脫壁、萎縮，基部有黃色積液，為老齡菌種，表面或瓶壁出現霉菌斑、拮抗線、濕斑都是污染菌種。
四、木耳。菌絲潔白，粗壯有力，生長較快，整齊均勻，為性狀良好菌種；培養一段時間后，瓶壁出現菊花狀膠質原基，褐色或黑褐色，為正?，F象。若菌絲稀疏，可見培養基顆粒，同香菇菌種的原因類似，在菌絲滿瓶之前出現原基，說明生理成熟過度，或轉管次數多；基部有淡黃色積液為過老菌種；菌絲只限于某一角落生長，不再蔓延者與培養料濕度有關。
五、銀耳。銀耳菌絲與香灰菌絲比例適當，在培養基上形成“白毛團”或膠質的耳基，瓶內香灰絲生長健壯、均勻，并能產生黑斑，后期在耳基下呈束狀分布，無其它雜斑，銀耳菌絲吃料深，在耳基下分布較厚，白毛團旺盛，耳基大，則為優良菌種。如白毛團較小，易膠質化，說明菌種已老化；香灰菌稀疏，不深入基質，子實體呈膠團或膠刺狀，不開片，為培養基過濕；表面菌絲隱褪，耳基發紅，并有紅褐色積液與螨類污染有關；培養基表面有一層很薄菌膜，下部仍有銀耳原基，說明菌種不純。
